然而，股份合作制企业虽然具备合作社的某些特征，但并不能完全等同于合作社。因为股份合作制企业是十四届三中全会提出的一种新的企业组织形式，其目的是要改革国有的和集体的企业，以适应建立现代企业制度的要求。作为一种新类型的企业组织，股份合作制企业在组织形式上，是劳动联合与资本联合的统一。这类企业的特征是以劳动合作为基础，职工共同劳动、共同占有和使用生产资料，利益共享、风险共担；资本合作采取了股份的形式，是职工共同为劳动合作提供的条件，职工既是劳动者又是企业出资人，在利润分配上是按劳分红和按股分红的统一。正如1997年由当时的国家体改委公布的《关于发展城市股份合作制企业的指导意见》（以下简称《指导意见》）第3条所述：“股份合作制企业既不是股份制企业也不是合伙企业，与一般的合作制企业也不同，是在实践中产生并不断发展得新型的企业组织形式。”
我国合作社主要表现为各种类型的农业合作社、农村股份合作制企业、供销合作社和农村信用合作社。[7]但是从现行的立法来看，仅有2007年7月1日颁布施行的《中华人民共和国农民专业合作社法》（以下简称《农民合作社法》）明确了农民专业合作社的概念与类型，规定了其所有制性质，而股份合作制企业、供销合作社和农村信用合作社等都没有相应的法律予以明确规定，其依据多是党中央、国务院发布的关于各类指导性意见，如《指导意见》。
其次，股份合作制企业具备现代企业制度的法人属性。《指导意见》明确指出：“股份合作制企业是独立法人，以企业全部资产承担民事责任，主要由本企业职工个人出资，出资人以出资额为限对企业的债务承担责任。”因此，股份合作制企业是我国市场经济中存在的各类企业的一个组织形式。1997年由上海市人民政府颁布实施的糟行办嘟第3条也明确规定：“本办法所称的股份合作制企业，是指以企业职工出资为主或者全部由企业职工出资构成企业法人财产，合作劳动，民主管理，按劳分配和按股分红相结合的企业法人。”股份合作制企业是法人，这也是其区别于原先合作社的关键之处，因为原先我国各类合作社中的供销合作社、信用合作社以及农民专业合作社并不都是法人。
（二）股份合作制企业的法律适用——参照适用公司法的基本原理
股份合作制成为城市许多中小企业改制的重要形式，目前己经具有了相当的规模。但是关于这种类型的企业，立法者却一直没有制定相关的法律，在国家立法层面，除了《指导意见》外，并无其他可以适用的法律、法规。
