首先，传统犯罪事实证明中，经常使用的证明方法是逻辑推理和经验法则，污染型环境犯罪因果关系的证明同样需要使用这两种证明手段。但是，污染型环境犯罪由于存在污染者科学技术的独占性、污染经由的难以确定性等特点，运用传统证明方法判断因果关系有时变得不可能。为了解决因果关系的证明问题，法律政策会发挥不可或缺的作用，它可以鼓励法官尝试运用专门用来解决污染型环境犯罪因果关系的独特证明方法如疫学因果关系证明法、{21}间接反证法等，{22}通过推定得出因果关系存在与否的结论。法官对证明方法的选择可以在法律政策导引下灵活进行，因为固守传统势必会使污染型环境犯罪因果关系的证明走向死胡同，打击污染型环境犯罪会因此变成纸上谈兵，而环境保护法律政策的疏导会激活因果关系的特殊证明方法，使污染者难逃刑事法网。其次，污染型环境犯罪因果关系在事实层面属于污染型环境犯罪案件事实。按照刑事诉讼中证明责任的恒定分配原则，指控有罪者应当承担证明责任，即检控方应当承担污染型环境犯罪因果关系存在的证明责任。在检控方提出相关证据的情况下，客观上是否真正存在因果关系，需要法官最后判定。由于污染型环境犯罪因果关系非常特殊，证明难度巨大，有时要求检控方承担全部的证明责任确实比较困难，因此，有些国家的立法基于公平、公正的价值考虑让被告人承担反证因果关系不存在的责任。这种立法就是考虑到环境刑事司法的需要，采取了在法律上减少举证者举证的难度，实行举证责任倒置的做法。举证责任倒置的决定属于法律政策运作的结果，但目的在于通过推定的方法证明被告行为与被害人损害之间存在因果关系。{23}没有规定证明责任转移的国家在污染型环境犯罪因果关系证明过程中，法官基于实际的举证情况和打击环境犯罪的需要等政策考虑，也会或多或少考虑让被告承担一些举证责任。这种做法虽然在立法中是不被允许的，但实务中在政策框架下的此类操作仍然存在且被认可。在判断污染型环境犯罪因果关系时，即使原告无法举证证明损害如何发生，法官仍然会基于政策性考虑，认为被告行为造成的危险属法律规范所要防止者，或认为被告的行为显然为正直之人所谴责，应对其作不利的判断，甚至认为原告引用的法规范，即包含被告引起损害之特殊危险，而采任原告主张之因果关系。{24}再次，污染型环境犯罪因果关系作为犯罪事实的认定，其证明标准应与其他犯罪事实的认定标准一致，即法官在判断有无污染型环境犯罪因果关系时应该达到“排除合理怀疑”、“内心确信”或者达到我国《刑事诉讼法》所要求的“犯罪事实清楚、证据确实充分”的证明标准。对于污染型环境犯罪案件，如果在因果关系没有达到排除合理怀疑或者内心确信的刑事案件事实证明标准时，仍然要被告对因果关系承担责任，那么这样做的唯一的理由就是放松事实因果关系的证据要求的环境刑事法律政策。“如果严格按照法律要求，那么在不能完全证明事实因果关系的情况下，就极有可能放纵有罪过的被告，为了维护正义的要求，必须直接认定法律因果关系的存在”。{25}由于污染型环境犯罪因果关系的证明困难，有些情况下要求证明标准达到普通刑事案件的事实证明标准几乎是不可能的事情，这种情况下法官会在污染型环境犯罪追究和证明标准的高低上进行权衡。有可能只要因果关系的证明程度达到盖然性或者高度盖然性时，法官就会认定因果关系的存在。法官判定污染型环境犯罪因果关系有时还会受到媒体、公众舆论和环境污染地区受害群众压力的左右，此时政策的影响力更大。基于社会稳定和环境保护的考虑，只要被告没能洗刷自己犯罪的嫌疑，那么控诉方证明标准即使没能达到法律规定的标准法官也可以判定因果关系存在。最后，污染型环境犯罪因果关系证明中，还存在大量的需要法官进一步判断的法律概念和术语。法官在解释这些概念和术语时虽然要考虑立法意图，但这仍然属于自由裁量权行使的范畴，带有较强的法官个人色彩。
