然而，由于种种原因，司法解释工作中也存在不少不容忽视的问题。
（一）从司法解释的主体看，司法解释呈“多元化”、“多级制”的趋势
一是非司法机关也成了司法解释的主体。按照《决议》的规定，有权制定司法解释的主体只能是最高人民法院和最高人民检察院。可在许多事实上属于司法解释的规范性文件中，其制作主体不仅有最高人民法院和最高人民检察院，而且还有大量的行政机关，如公安部、司法部、财政部、林业部、外交部、卫生部、铁道部中国人民银行，等等。据有关学者统计，1980—1990年期间，最高人民法院共制发刑事司法解释152个，其中有62个是与非司法机关联合制定的，占40％。为什么会出现这种状况，“说穿了是法院的地位和权威性不够”，因为“你如果不和有关部门联合下文，人家就不认你的解释，联合下文无非就是借助这些部门的权威增加司法解释在这些系统执行的权威性。”[4]
二是最高人民检察院行使司法解释权似有不当。不错，按照宪法的规定，人民检察院是国家的法律监督机关，理所当然地有权行使法律监督的权力。但是，基于众所周知的原因，从中国的政治体制和司法体制的现状来看，我国人民检察院主要行使的并不是法律监督权而是对各类犯罪案件代表国家提起公诉的职权。在刑事审判中，人民检察院事实上扮演的是控方即“原告”的角色。正是基于这一特定的“角色”，人们完全有理由认为，如果允许人民检察院行使司法解释权，无异于让“运动员”行使制定竞赛规则甚至充当“裁判”的角色，控辩双方的“法律地位”呈现明显的不“对等”，其控辩式的审判还是否有“公正”可言？！这正如有的学者形容的“这好像一只手拿着起诉书，而另一只手却高举着棒子来威吓你说，按照我制订的司法解释去判”。（同上）尤其是在检察解释与审判解释对有关具体应用法律、法令问题的解释出现不相一致的情况下，人民法院对两个“有权解释”如何适用必然出现“二难”选择的困境。如2000年6月29日经最高人民检察院发布的《全国人民代表大会常务委员会<关于中华人民共和国刑法第九十三条第二款的解释>的时间效力的批复》规定：“该解释是对刑法第九十三条第二款关于’其他依照法律从事公务的人员‘规定的进一步明确，并不是对刑法的修改。因此，该《解释》的效力适用于修订刑法的施行日期，其溯及力适用修订刑法第十二条的规定。”毫无疑问，“高检”的这一司法解释对人民法院的审判工作就可能存在无所适从的“二难”境地：既然立法解释的效力“适用于修订刑法的施行日期”，也就是说，对《批复》发布之前已经审理终结或者尚未审理终结的案件都适用，那么，对过去没有按照“其他依照法律从事公务的人员”定性处理的案件是不是都应当再依照《批复》重新审理呢？这样，人民法院的审判还有何独立性、稳定性可言？如果不重新审理，“高检”《批复》的法律效力又如何体现？显然，立法机关赋予“高检”的司法解释权是不恰当的。
三是司法解释的“一体制”正被“多级制”打破。近年来，最高两院在对许多涉及数额、清节、后果的法律适用问题的司法解释中，特别授权“各省、市、区高级人民法院可以根据本地区经济状况制定具体的数额标准”。以盗窃案件的“数额较大”起点为例，最高两院1998年3月26日在《关于盗窃罪数额认定标准问题的规定》中规定构成盗窃犯罪“数额较大”的幅度是“以500—2000元为起点”，同时授权“各省、自治区、直辖市高级人民法院、人民检察院、公安厅（局）可以根据本地区经济发展状况，并考虑社会治安状况，在上述数额幅度内，共同研究本地区执行的盗窃罪数额较大、数额巨大、数额特别巨大的具体数额标准，并分别报最高人民法院、最高人民检察院、公安部备案”。由于有了最高两院的授权，全国各地掌握的标准就五花八门。
