（二）两地刑事管辖权的冲突
香港与内地的刑法对刑事犯罪的管辖原则基本一致，都采用了属地管辖为主，以属人管辖、保护管辖和普遍管辖为辅的原则，因此，对于一些涉及两地的跨法域犯罪案件，必然会产生刑事管辖权的竞合问题，引起刑事管辖权的冲突。如对于犯罪预备行为和实行行为、犯罪实行行为和犯罪结果涉及两地的案件、同一行为人在两地分别实施犯罪的案件、跨法域的共同犯罪案件，根据两地刑法规定，香港和内地都有刑事管辖权时，究竟由何地司法机关对案犯进行审判和处罚，其间是否需要进行逃犯移交，这些都是在审查移交逃犯请求过程可能要面对和解决的问题。
（三）双重犯罪标准是否适用
鉴于香港与内地是“一国”之下实行“两制”的不同行政区域，两地的刑法规范之间存在着大量的冲突，有的行为在内地被认为是犯罪，而在香港则可能不认为构成犯罪，反之亦然。移交案犯是被请求方协助请求方缉捕并移交逃犯的合作，该行为本身就表明被请求方对请求方追诉行为人的支持和对该行为的否定性评价。因此，在移交逃犯活动中，是否适用国际引渡制度中通用的双重犯罪标准，如果适用，则可能出现行为人潜逃至不以犯罪论处的法域从而规避法律制裁和惩罚的情形。
（四）死刑犯是否移交的问题
香港特别行政区于1993年4月由立法局通过废除死刑的条例，内地1997年颁布的《刑法典》规定的罪名总数为413个，其中死刑罪名69个，占全部罪名的1/6强。司法实践中，负罪外逃的案犯多为在内地犯有严重罪行并且可能被判处死刑的人，当内地向香港提出移交请求时，香港法域是否可以援引国际引渡中通常适用的死刑犯不引渡原则而拒绝移交?如果内地司法机关根据《逃犯条例》第13条规定，作出不会对被请求移交人处以死刑或即使处以死刑亦不会执行的承诺，从而使香港成为国内死刑犯避难所，那么会不会助长犯罪分子逃避法律严厉处罚的侥幸心理，从而危害内地的社会治安和善良民俗。
（五）政治犯是否移交的问题
从原则上而言，危害国家安全的犯罪应当受到两地法律共同禁止和惩处，对于此类在国际引渡中经常被拒绝引渡的犯罪，不应被排除在香港与内地逃犯移交合作之外。但是，香港根据《基本法》规定保持原有的资本主义制度和法律，它与内地实行的社会主义制度不同，从而使对政治犯罪的理解和界定受到两地相互间潜在的意识形态和价值观念冲突的影响，难以预测和界定。
