以“预备立宪”宣布为起始为清廷接纳的“司法独立”原则，不仅成为朝中官员渐趋一致的思想认识，也成为了清末时期所制定新式法律的重要内容，其在晚清政权中的合法地位得以最终确立。
光绪三十四年八月一日，清廷颁布的中国历史上第一部近代意义的宪法性文献——《钦定宪法大纲》[36]中，已明确规定了司法独立原则的相关内容。如在君上大权部分，其第十条规定君上“总揽司法权”的同时，又明确写入了“委任审判衙门遵钦定法律行之，不以诏令随时更改”的条文。而在臣民权利义务部分，也明确规定：“臣民非按照法律所定，不加以逮捕、监禁、处罚”；“臣民可以请法官审判其呈诉之案件”；“臣民应专受法律所定审判衙门之审判”等内容。如果说是“预备立宪”宗旨的宣示，让司法独立理论和原则不再被视为“异类”，在清廷上下有了立足的空间的话，那么《钦定宪法大纲》这些司法权由司法机关依法行使，皇帝也不得以“诏令随时更改”判决，不得干涉司法审判活动这样一些内容规定，则使司法独立活动的开展有了更为充分的立法依据。
清廷颁布《钦定宪法大纲》的同时，又颁布了《议院未开前逐年筹备事宜清单》，其中专门规定了不同年限分别设立各级独立于行政之外的司法审判机关的具体条款，要求自自第二年至第八年，从省城、商埠一直到县城、乡镇的各级审判厅必须一律设立，以为司法独立之预备。为规范从中央到地方各级新式审判机关的设立与运行，清廷又先后制定颁布了《大理院审判编制法》（1906年）、《各级审判厅试办章程》（1907年）、《法院编制法》（1910年）等法律法令。从这些新颁行的法律法令的内容规定看，“司法独立”均成为其中的主导性原则。如《大理院审判编制法》明确表述：“自大理院以下及本院直辖各审判厅局，关于司法裁判，全不受行政衙门干涉，以重国家司法独立大权，而保人民生命财产”[37]。1910年正式颁行的《法院编制法》，则从法律规定上对“司法独立”原则进行全面确认，并将之细化为司法审判权不受司法行政部门之干预（第一六三条）、不受检察机关之干预（第九十五条）、审判人员独立审判（第三十五条）、司法官地位保障（第一百二十五条）等。从某种意义上讲，也正是这些法律法令的颁布与施行，使司法独立原则落实到了司法制度改革的实践层面，推动了晚清司法制度的全面转型。
概括而言，以司法独立原则为导向的晚清司法制度转型突出表现为如下几个方面：
其一，全面推进地方各级新式审判、检察机构的建设。
从传统的司法行政合一走向近代的司法独立，其前提条件是设立一套与行政机关完全分立的独立的新式司法机关体系。清廷中央官制改革时，构建了以法部、大理院、总检察厅分别行使司法行政权、审判权、检察权的新式中央司法机关体系，为地方各级新式司法体系的建设提供了标准。1907年始，依照“预备立宪”设立新式审判厅之设计与规划，按照先后颁行的《大理院审判编制法》、《各级审判厅试办章程》、《法院编制法》确立的四级三审制的要求，由点而面，各地筹设高等审判厅、地方审判厅、初级审判厅的工作逐步展开，并同时在新设立的审判厅内同步附设相应之检察厅，并相应配备专门的新式司法人员。各级新式审判、检察机构成立后，按照管辖规定分别受理不同的刑民事案件及行使相应的检察权力，渐次建成了较为完备的新式司法机构体系。新设立的审判厅、检察厅行使司法职能后，旧有的各地省、府、州、县等各级行政机关就无权受理和审理案件，从而逐步完成新旧司法体制的转换。尽管受限于人、财、物等条件以及清廷未几即被推翻等因素，清廷各级新式司法机构建设远未完成，但其相关的建设成就既引导了传统司法体系近代化转型的方向，也为此后的民国时期新式司法机构的创建奠定了较多的基础性条件。
其二，司法程序与审判方式的改革。
司法独立并不意味着司法不受制约，否则无法实现保障权利及制约公权的基本职任。因此，晚清司法制度改革中的一大主题，就是司法程序化和审判方式的改革。晚清时期通过一系列新式法规的颁布和实践，确立了一系列相关制度，主要包括：（1）区别民、刑诉讼，改变中国传统民刑诉讼不分、率以刑责的状况。新设各级审判机构均分别设立刑庭、民庭，采用刑事案件公诉制度和民事案件当事人起诉制度，改变了司法行政合一状态下的全能性司法状态，使司法独立建立在各方当事人充分参与的基础上，为其最终实现司法公正、保障当事人权益创造了前提。（2）公开审理方式的确立。中国传统审判过程基本上是不对外公开的，主要强调以官府的权威来断定是非曲直，惩罚犯罪，而司法独立原则强调依法断案，审判必须公开，利于社会监督，因此，晚清司法改革中正式采纳了“公开审理”的原则。《各级审判厅试办章程》在“审判通则”中设有专门“公判”一节，对公开审判之各环节予以规范。包括：“凡诉讼案件，经检察官或预审官送由本厅长官分配后，审判官得公判之”（第二十六条），“审判官于公判时，发现附带犯罪不须预审者，得并公判之”（第二十七条）等。此后的《法院编制法》中，在第七章“法庭之开闭及秩序”中列有专条，对审判公开之原则予以确认。如规定：“诉讼之辩论及判断之宣告，均公开法庭行之”（第五十五条），“公开法庭有应行停止者，应将其决议及理由公开宣示，然后使公众退庭，至宣告判断时，仍应公开”（第五十八条），并还规定：“停止公开法庭，审判长得指定尚无妨碍之人，特许旁听”（第五十九条）。这些法律规定，在实践中成为了清末新式审判制度运行的依据。（3）证据主义原则的采用。中国传统司法制度具有“罪从供定”的特点，口供成为定案的基本依据，而在传统司法奉行职权主义原则的背景下，刑讯逼供、司法枉滥就成为历朝历代难以根治的顽疾。司法独立的宗旨在于法官依法断案，保障当事人权利成为基本需求，因此，近代司法的基本内容之一就是禁止刑讯，采用证据法定原则。晚清司法独立的推进过程中，禁止刑讯、以证据定罪就成为基本的改革取向。《各级审判厅试办章程》明文规定：“凡审判方法，由审判官相机为之，不加限制，但不得非法凌辱”，即将刑讯取供等审问方式均视为非法而加以摒弃。与此同时，该章程还专立章节对证人、举证方式、相关费用及伪证之责任进行了较为细致规定，从而使证据主义成为了清末司法改革中各级审判厅审断案件的基本原则。
