其二，协调司法权内部的司法行政权和司法审判权的相互关系。
中央司法机关的重新设置只是推行司法独立的前提，如何确立新设之司法机关的职能权限，使之分工合作且互相制约，才是事关司法独立能否有效运行和实现的核心问题。由于晚清官制改革之初清廷官员对于司法独立原则的认识主要停留在司法行政分立的层面，对于与行政分立后司法权究竟应如何运行认识模糊，因此，清廷上谕中出现了“著刑部改为法部，专任司法。大理寺著改为大理院，专掌审判”这一语义含混的表述，也因此而引发了法部和大理院就司法权分工、司法独立内涵而出现“部院司法权限之争”[28]。法部基于沿袭原刑部而来的权力强势惯性[29]和争权的需要，提出了“审判权必级级独立，而后能保执法之不阿，而司法权则必层层监督，而后能防专断之流弊”的主张。在法部尚书戴鸿慈的主持下，力图在新确立的司法体制中拥有司法行政权、司法复核权的双重权力，并将之细化为全国死刑案件复核权、部分重刑案件的复核权、司法行政管理权、司法人员任用考核权等具体内容[30]。对于司法独立原则有着较为深刻认识的大理院正卿沈家本，自然不能认同法部的意见。他认为：“法部所任系司法中之行政，臣院所掌系司法中之审判”，两者不能混同，并且，“司法独立，为异日宪政之始基，非谓从前刑部现审办理不善故事更张也”，强调“宪政精理以裁判独立为要义”[31]，因此不同意法部对司法审判权的分割和控制以影响司法独立。部院司法权限的争执最终因朝廷震怒而不得不最终形成争议问题的妥协方案：对于死刑案件，法部复核后，由部院具奏；对于速议之件及汇案死罪之件，由部院驳正或复核，再由部院具奏；各审判、检察官员之作用，由部院会商请简请补[32]。
从晚清新设立的两大司法机关司法权限之争可以看出，当时清廷统治者对于司法独立原则接纳的有限性。一方面，在“预备立宪”的旗帜下，形式意义上的司法独立必须具备，因而以司法行政分立为核心的中央司法体制改革的推进也势在必行。另一方面，这一司法改革又必须纳入皇权一统的范围，因而不可能完全接受真正意义上的司法独立原则。正因于此，在处理司法行政与司法审判权力关系时，清廷统治者便有意识地倾向于赋予法部行使司法行政权之时，拥有更多的制约、监督审判活动的权力，并最终通过两者的制衡而将最终的司法权统一于皇权。
三、司法独立原则的确立与晚清司法制度全面转型
“预备立宪”之初清廷对司法独立原则的接纳，促使了晚清中央司法体制变革的展开，而囿于自身利益的局限，清廷统治者总是力图将这一变革对自身权力的冲击控制在最小的范围，因而其变革的着力点主要强调司法行政分立而不是真正意义的司法独立。但是，历史的发展总是不断展现自身的规律性，而不以人们哪怕是统治者的意志为转移。随着“预备立宪”活动的推进，随着人们对宪政理论、三权分立理论认识的深化[33]，司法独立原则逐渐为清晚清社会越来越多的人们所认同，并在立宪理论取得正统地位的背景下日益成为朝廷上下的主流言论。[34]不仅如此，在司法独立的认识方面，一些官员已经达到较为深刻而准确的程度。比如1909年9月，出使日本的考察宪政大臣李家驹在其所上奏折中谈到司法独立问题时说：“至所谓司法独立，亦有二义。凡行使司法权以裁判所为机关，与立法机关、行政机关分立，不相统摄，故谓之独立，此一义也。凡司法官裁判案件，悉依法规所定，自行判断，不受上官指挥，故谓之独立，此又一义也”。他并谈到：“司法独立之制，创始于法兰西，……厥后欧洲大陆诸国迭相仿效，司法独立制度遂为各国通行不易之规。其所以必须独立者，盖立宪制度之精义，在防官吏专制之弊，保人民自主之权。行政官兼司裁判，往往有所瞻徇，流于偏私，其极也，官吏肆其威福，而国家丛为怨府，驯致招乱，故欧美各国斤斤于司法独立一事，诚有鉴于此也”。在此折中，他还归纳说：“司法独立，厥要有三：凡组织裁判所及裁判方法，皆须以法律规定，一也；以法律保持裁判官之地位，不得无故罢免，二也；按照宪法，使人民有受裁判官裁判之权，三也。三者缺一，不得谓之司法独立”。[35]李家驹的这种认识，固然与他作为出使考察宪政大臣的见闻有关，但我们翻阅当时的其他奏折，又可以认为这不过是一份对司法独立阐述较为明确的代表性奏章而已。应当说，在清廷“预备立宪”不断推进而导致的政治氛围大为转变之后的官僚层中，对于司法独立的理解和认识程度已与此前不可同日而语。
