当然，仔细分析起来，清廷官员特别是朝廷高官能很快就接纳“舶来品”的司法独立原则，除了上述的“预备立宪”推行前后政治风气转变、收回领事裁判权和救传统司法之弊之需要等原因外，还有一个重要因素值得注意，即此时多数清廷高官所理解的司法独立并非真正意义上的司法独立，而主要是一种表现为司法行政分立的变通型司法独立。在当时诸多主张司法独立的奏折中，我们发现一个典型现象，即“司法独立”一词又往往与“司法行政分立”相混用，这在前述主张司法独立的朝廷高官如奕劻、戴鸿慈、端方等的奏折中都表现明显。沈家本、吴钫等的奏折尽管有时对两者进行区别，但其重心仍是司法行政分立。这种立足于“司法行政分立”的司法独立原则，显然并不与保有皇权相冲突，甚至可以最终统一于皇权，因此其在晚清政治改革的背景下得到清廷的接纳才显得如此顺利。尽管在今人看来，这种变通的司法独立与强调“权利保障”、“权力制约”的司法独立的宗旨已有较大差异，但无论如何，在一个具有悠久的行政兼理司法、行政控制司法传统的国度，率先强调司法行政分立也是极具实践价值的司法近代化的重要步骤，它对于减少新制度带来的社会震荡，促使晚清司法变革的及早展开，产生了重要的推动作用。当然，另一方面，它又为后来司法制度改革中出现各种矛盾冲突埋下了伏笔。二十世纪初年晚清社会初步认识并接纳司法独立原则，特别是随着立宪运动的展开，清廷官员中越来越多地认同司法独立原则，导致了清廷统治者对这一源 自西方的宪政原则态度的转变。光绪三十二年七月十三日（1906年9月1日），面对立宪派和革命派形成的内外压力，在分派亲贵大臣进行宪政考察而确信“立宪”政体“利于君，利于民，而独不便于庶官者也”，并认为救危亡之方“只在立宪”[25]之后，清廷终于正式下诏，宣布仿行宪政。
以清廷谕旨宣示“仿行宪政”，的确是中国历史上破天荒的大事，它标志着自秦汉以来的君主专制统治自此开始逐渐让位于随西学东渐的宪政之治，也预示着中国传统政治体制开始要经历变革的阵痛，步入近代化转型的新时期。尽管“预备立宪”是清廷面对困境不情愿和不得已的选择，因而其推行过程必然一波三折，充满矛盾冲突，但无论如何，宪政的旗帜一旦举起，政治改革之门一旦打开，依托于三权分立政体框架的“司法独立”原则便获得了正式、合法的地位，并且成为指导晚清司法制度近代化变革的基本依据。
光绪三十二年九月二十日（1906年11月6日），清廷颁布上谕：“为立宪之预备，饬令先行厘订官制”，“刑部著改为法部，专任司法。大理寺著改为大理院，专掌审判”[26]，即按照立宪所要求的三权分立和司法独立原则对中央司法机构进行统一调整，重新划分和界定中央司法机关的职能，明确其相互关系，晚清中央司法体制的近代化转型由此正式展开。其变革内涵突出主要表现在下列两个方面：
其一，按照司法行政分立的原则重新设置和调整中央司法机构。
晚清司法体制改革前，清代中央司法机关主要沿袭明代的“三法司”旧制，在职能上实行“刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正”的分工体制，同时其他机构如理藩院、宗人府等也拥有部分司法权力。这种体制的明显特征是司法行政不分，因此建立一套独立于行政机构之外的中央司法机关体系成为贯彻司法独立原则首当其冲的基本要求。正是按照这一变革思路，负责厘定中央官制的奕劻等明确提出了“司法之权则专属之法部，以大理院任审判，而法部监督之，均与行政官相对峙，而不为所节制”[27]的具体改革方案。这一方案得到清廷谕准后，清廷正式将原来的大理寺改为大理院，作为全国最高审判机关，掌握最高审判权。同时将原来的刑部改为法部，主要负责司法行政事务，并在大理院附设独立行使职权的总检察厅，负责刑事案件的侦察及起诉、民事案件的保护公益，并负责审判监督。这一变革的结果，最终形成了由法部、大理院、总检察厅共同行使中央司法权的全新体制。尽管这种调整并非完全意义上的司法独立，而是主要强调司法权同行政权的分立，且司法权的运行仍最终受制于皇权，但不可否认，它在中国传统司法制度的近代变革过程中仍具有十分重要的意义。一方面，它确定了由法部和大理院行使专门的司法权的全新体制，剥离了其他机关曾经拥有的司法权力，厘清了传统司法制度中司法权行使混乱的情况，进而为减少行政干预司法奠定了制度基础。另一方面，中央司法体制的这一重大变革，冲破了长期沿袭的司法行政不分的传统司法理念，表明了清廷坚持以三权分立、司法独立为基本原则的司法改革方向，这为清廷上下进一步思考什么是真正的司法独立、如何贯彻司法独立原则提供了可能。
