对命令作为、不作为的补偿。被命令设置特定的物件(作为)，或者被停止营业行为(不作为，忍受某种行为)等，判断因此而导致的损失是否需要补偿，可以适用消极目的或者积极目的之基准。[5]
对事业损失的补偿。因实施公共事业而间接地给附近地区的居民带来不利，称为事业损失。以公共之手来填补该损失的制度，称为事业损失补偿制度。实施公共事业之际，虽然没有直接侵害财产权，但是，也可能对其周围带来各种各样的损害。例如，建设了道路、空港、铁道、工厂等，与此相伴的噪音、振动、臭气、阴凉等损害让附近的居民承受。这种损害称为“事业损失”，当其达到一定限度以上时便构成不法行为，因而成为基于《民法》及《国家赔偿法》进行损害赔偿的对象。不过，由于事业本身通常是合法的，所以，以损失补偿的法理来处理这些问题被认为更加适当。
基于结果责任的损失补偿。为了解决以国家赔偿及损失补偿的法制得不到救济的所谓“国家补偿的谷底”的问题，日本在努力扩大国家赔偿范围和损失补偿范围的同时，长期致力于根据特别法进行补偿。有的虽然并非传统意义上的“国家补偿”范畴，但是，它们共同构成了现代日本国家补偿法体系。
负担金制度
一般说来，某项行政活动所带来的利益，只能由特定人或者特定集团来享有，并且，由于实施该项行政活动，往往给另外的特定人或者特定集团带来严重的不利。国家为了实现正义和公平而推进国家补偿，同时也应当建构调整各种利害关系的制度，以谋求公平负担和公平受益。日本的负担金制度在这方面发挥了重要作用。各种负担金都是由行政机关以命令即行政行为的形式单方面赋课的，是具有类似于租税性质的公共赋课金。日本在行政补偿方面的负担金制度，主要有受益者负担、原因者负担和毁损者负担三种情形。
受益者负担。由于行政活动的实施，给特定人带来利益时，对受益者赋课一定的金钱给付义务(负担金)，以谋求将其所得利益返还社会。而当有必要为特定人而实施公共事业时，则要求受益者负担事业费的全部或者一部分。
原因者负担。原因者负担，是指对制造实施公共事业之必要的原因者赋课负担金的制度。例如，对大量地排放废水而导致改建公共下水道之必要者，命令其负担改建下水道所需费用的一部分。此外，为了防止公害而实施绿色林带建设、土壤改良事业等公共事业，根据《公害防止事业费事业者负担法》，对导致公害的事业者赋课负担金，是与原因者负担相类似的制度。
