首先，政企分开有利于政府部门实施独立监管。其实只要稍作分析就可以知道，所谓的“自然垄断”和“国有化”从来只是企业运营的原则，而不是“政企合一”的理由。换句话说，即便铁路的运营公司是一家国有的垄断公司，也不等于这家公司居然还可以办政府。有一种观点认为，如果单独成立一个铁路公司，而将管理职能划归交通部，那这个公司实际上还是铁道部，只是多了一个婆婆。[8]笔者不能同意这种看法，因为只要政府的管理职能被剥离，即便运营业务依然垄断在一个公司手中，这个公司最多也只是一家超大型的国有垄断企业，而决不可能是另一个铁道部。而政府部门一旦与经营业务脱钩，其监管的独立性和有效性无疑会大大增强。那种认为既然经营业务垄断那就干脆政企合一的观点，就如同认为既然出纳统一经手资金那就干脆将会计和出纳合一，或者如同认为既然政府统一执法那就干脆将立法机关与政府合一一样，是经不起推敲的。阻碍政企分开的真正原因并不是所谓的自然垄断理论，而是既得利益者不愿意放弃政企合一带来的翻手为云、覆手为雨的巨大利益罢了。
其次，政企分开有助于减少内部关联交易带来的弊端。除了铁路运营企业之外，与铁路相关的企业还有很多，包括各种铁路工程建设企业和铁路技术研发机构。如果实现了政企分开，那么这些企业与铁路运营企业由于同为企业，因此容易采用市场化的方式处理彼此的关系。然而由于现在政企不分，这些企业都被公权力在握的铁道部强力整合在了一个高度关联的利益集团之中，从而催生了盛产腐败、低质量产品和低市场竞争力的寄生型产业链和内部关联交易。比如据媒体报道，生产高铁监测系统和防灾安全系统的辉煌科技公司在2010年铁路通信信号行业收入达2.44亿元，占其主营收入的比例高达98％。而佳迅飞鸿公司生产的铁路常规调度系列产品、应急指挥系列产品和铁路防灾安全监控系统产品则几乎囊括了公司100％的主营收入。[9]最近一段时间屡遭雷击而停电的全国高铁电气系统的80％是由中国中铁旗下的中铁电气局承建的，[10]而此次“7.23”事故初步认定的罪魁祸首-北京全路通信信号研究设计院则是铁道部管理的集团二级企业。[11]产业链的寄生性在人事问题上也表现得十分明显，最近各路财经媒体屡屡揭发出铁道部许多领导普遍任职铁路产业链相关上市公司高管的事实，个别领导甚至一人兼任18家所属企业的董事长。[12]如此瓜田李下，又怎会清清白白？刘志军为首的一彪高官先后落马，关联企业生产的信号设备存在严重设计缺陷，都是政企不分带来的必然恶果。
再次，政企分开有利于权力的分立与制衡。“7.23”事故发生后，有学者主张应该由人大依据《宪法》第71条之规定成立特别调查委员会，开展独立调查。[13]而互联网上许多网友更是对事故调查组中出现铁道部领导表示不解，认为这样的调查组无法摆脱铁道部的影响，不能开展真正的独立调查。鉴于此，8月10日国务院常务会议决定，调整、充实国务院“7.23”甬温线特别重大铁路交通事故调查组和专家组，铁道部官员不再出现在名单中，新增了工业与信息化部、电监会两个部门以及数名有专业技术背景的官员和学者。[14]然而即便如此，铁道部在事故调查过程的影响也不可能轻易消失，铁道部缔造的政企联合体几十年来高度垄断了与铁路有关的资源、知识和信息。没有铁道部的有效配合，事故调查很难真正顺利开展。这种挥之不去的尴尬究根结底还是归咎于铁路系统长期政企不分造成的弊端。没有权力的分立，就没有权力的制衡，这是“7.23”事故处理告诉人们的根本道理。
