（一）刑种单一。《刑法》对第338条只规定了自由刑和罚金刑，对单位犯该罪者实行双罚制，一定程度上对于打击、遏制污染环境犯罪具有积极作用，但是于环境本身而言，这样的刑罚处罚体系显得过于单一且缺乏针对性，不能对环境进行恢复和补偿，不利于实现保护环境的目的。另外，我国的污染环境犯罪大多数是单位特别是工业企业实施的，我国《刑法》对单位实施污染环境犯罪的刑罚更为单一，仅有罚金刑一种，然而某些企业为了追逐高额的利润而不惜付出罚金的代价，况且此处的罚金没有明确的数额标准，极易导致适用的随意性，导致刑罚威慑力不能正常发挥。种种弊病表明，我国的严重污染环境犯罪的刑种需要完善。对此，笔者有如下建议：首先，完善罚金刑。应当明确对实施严重污染环境犯罪者判处罚金的数额（计算）标准。其次，增设资格刑。针对严重污染环境犯罪的特点以及行政手段处罚不力的现实，可对严重污染环境犯罪的个人或者单位分别规定“剥夺从业资格”和“剥夺经营资格”的资格刑。最后，为恢复被污染的环境，可规定类似责令恢复被破坏的环境的刑罚手段，那些“过失导致环境犯罪，主观认罪态度又好的犯罪人能用自己的劳动恢复被自己破坏的环境，既惩罚了犯罪人，同时又使环境价值得以恢复。”[9]
（二）自由刑畸轻。《刑法》第338条的刑罚分为两档，其中，“严重污染环境的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金”，“后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。”总体看来，严重污染环境犯罪的刑罚配置明显畸轻。首先，从法定刑设置的依据来看。法定刑设定的根据，最明显的就是行为的社会危害性程度。[10]“犯罪对公共利益的危害越大，促使人们犯罪的力量越强，制止人们犯罪的手段就应该越强有力。这就需要刑罚与犯罪相对称。”[11]环境犯罪作为社会公害犯罪，其具有潜伏期长、持续时间长、波及范围广、破坏作用大的特点，给环境和人类健康造成的危害往往十分巨大甚至不可估量，理应予以严惩。作为保护环境的最后屏障，我国《刑法》对惩治此类行为规定的刑罚显然畸轻。其次，从污染环境犯罪严峻形势看。伴随经济的快速增长、工农业以及生活污染物排放总量不断扩大，我国的环境污染也达到了空前的程度，严重污染环境的犯罪行为不断肆虐，严重污染环境犯罪的法定刑规定使得现实中大量的严重污染环境犯罪行为得不到与其犯罪行为相适应的刑罚处罚，面对日渐严峻的污染环境犯罪态势，刑法打击显得苍白无力。最后，从严重污染环境罪与其他犯罪法定刑的协调性上看。第一，与过失致人死亡罪的刑罚不协调。按照《刑法》第233条的规定，“过失致人死亡的，处三年以上七年以下有期徒刑；情节较轻的，处三年以下有期徒刑。”而按照2006年最高人民法院《关于审理环境污染刑事案件具体应用法律若干问题的解释》的规定，《刑法》第338条规定的“人身伤亡的严重后果”是指“致使一人以上死亡、三人以上重伤、十人以上轻伤，或者一人以上重伤并且五人以上轻伤的”，这种情形下的法定刑是“三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金”，对比二者，在同为致一人死亡的情况下，作为危害程度相同甚至往往大于过失致人死亡罪的严重污染事故犯罪，刑法为其配置的法定刑明显畸轻，有违罪刑均衡原则。第二，与非法处置进口的固体废物罪、擅自进口固体废物罪的刑罚不协调。非法处置进口的固体废物罪规定了三档刑罚，即有非法处置进口的固体废物行为的，“处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金”，造成重大环境污染事故，致使公私财产遭受重大损失或者严重危害人体健康的，“处五年以下十年以上有期徒刑，并处罚金”，后果特别严重的，“处十年以上有期徒刑，并处罚金”。擅自进口固体废物罪规定了两档刑罚，即擅自进口固体废物，造成重大环境污染事故，致使公私财产遭受重大损失或者严重危害人体健康的，“处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金”，后果特别严重的，“处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金”。笔者认为，比起跨境的污染环境犯罪行为，国内严重污染环境的犯罪更常见多发，危害更大，法定刑本应重于前者，但对于同样是发生了造成重大环境污染事故，致使公私财产遭受重大损失或者严重危害人体健康行为的处罚，二者却明显有轻重之别，这亦有违罪刑均衡和刑罚公正。
