2．管辖权方面的冲突
管辖权是国家主权的基本权利。严格的属地管辖权和属人管辖权虽是传统管辖权的基本原则，却挡不住各国纷纷制定反垄断法域外适用原则的步伐。为了维护本国的经济利益，各国在限制某些行业禁止外资并购的同时，又设法扩大域外适用的效果原则影响的范围，突破传统的属地管辖原则，造成了平行管辖的局面。将本国的反垄断法适用于外国企业发生在境外的并购行为，势必会侵害企业属人国和并购行为地国的主权和利益。当外资并购造成或可能造成垄断时就会进入司法程序，各国都会因制定的域外适用而插手管辖外国企业发生在境外的并购，就会引发各国争夺管辖权的斗争。
另外，各国反垄断法的域外适用，必然会造成各国对同一并购案件的重合管辖。重合管辖常常会增加企业的并购成本。因为，多数国家的相关立法中都规定了并购的强制事前申报程序，并购方要遵守所涉各国的法律规定，向多个国家进行事前申报，这势必会增加企业的并购成本，成为并购企业考虑是否并购的阻碍性因素之一。美国的克莱斯勒公司和德国的戴姆勒——奔驰公司的合并就曾遭遇了这个问题。这两大全球知名的公司分布在全球的生产厂家共计有141个，在200多个国家和地区从事经营活动。为了实施合并，它们曾研究过40多个国家的反垄断法，并向其中10个国家进行过申报和批准程序。
再如，巨型企业合并如埃克森和莫比尔的合并给反垄断法提出了这样的问题。这两个企业因为在全球每个角落都有生产和经营活动，根据有关国家的法律，它们得向美国、欧盟、加拿大、挪威、瑞士、墨西哥、巴西、匈牙利、捷克、斯洛伐克、俄罗斯、日本等12个国家或者地区的反垄断主管机关进行强制性的申报，请求它们的批准。为了避免不测，它们甚至还向澳大利亚和新西兰反垄断机构进行了非强制性申报。[6]（P51）这对并购企业来说，将造成沉重的经济负担，不仅如此，反垄断审查阶段还有一个等待期，在此期间，企业不得实施并购。案例中企业向如此多的国家申报，各国规定不尽相同，其等待期是相当漫长的，无形中就大大降低了并购计划能否顺利实施的可预见性。
3．域外执行的冲突
美国企业并购主管机关是联邦贸易委员会和司法部反托拉斯局。其中，联邦贸易委员会属于行政机关，但在具体案件的审查中，不仅享有广泛的行政权，还享有准立法权和准司法权。其经国会授权而制定的行政规则和命令的效力与法律相同，这些行政政策和命令不仅涉及程序方面的规定，还涉及实体规则。此外，联邦贸易委员会的裁决结果在一定程度上类似于法院裁判，当事人对其裁决不服时，可以直接以上诉审的形式进入法院的管辖范围，就其裁决结果要求法院进行司法审查，而非提起行政诉讼。从人员结构来看，美国联邦委员会中经济处和竞争处的人员组成也都具有极强的专业性。
德国企业合并主管机关是联邦卡特尔局，从性质上来讲也属于行政机关，但在具体执行过程中也具有准司法性质。此外，该机构还具有很强的独立性，依法独立行使调查、扣押、裁决等权力，其裁决只有州高等法院才能改变或撤销。在该主管机关外，德国还设垄断委员会作为其顾问咨询机构。在实践中，垄断委员会作出的报告和建议对联邦卡特尔局无约束力，但在企业基于对其合并所产生的整体经济效益足以弥补对有效竞争造成的损害或合并符合重大公共利益的进行抗辩时，联邦经济部长在作出决定前必须征求垄断委员会的意见。
欧盟对企业合并的监管体现了行政主导的特点，其合并主管机关为欧盟委员会，其中具体负责欧盟竞争法的是隶属于欧盟委员会的竞争总司。从人员构成上来看，整个欧盟竞争总司具有法学背景和经济学背景的人约各占一半。除此之外，为保证并购案件得到公正科学的处理，欧盟还设置了咨询委员会。实践中，欧盟委员会作出最终决定时并不一定遵从咨询委员会的意见，只是最大限度的考虑其建议。另外，2004年欧盟竞争总司进行机构调整，增加了首席经济学家团队，为企业合并规制提供专业的经济分析意见。
我国经营者集中申报审查的主管机关即公共执行机关是商务部，其负责外资并购和中国企业海外并购的审查审批职能，国有企业并购和上市公司并购中凡是涉及外资成分的，都要经过商务部审批。[7]（P39）
除了专门的企业合并主管机关之外，法院作为司法审判机关，在执行反垄断案件中也起着重要作用，主要表现为合并当事人对并购主管机关决定不服时，向法院提起司法救济，在设置了私人执行反垄断法制度的国家，还包括私人向法院提起的反垄断损害赔偿之诉。在反垄断案件的管辖法院的设立方面，德国在州高级法院和联邦法院中还设置了卡特尔法庭；日本在东京高等法院中，也设立了只处理反垄断案件的专门法庭。
在实践中，当涉及域外执行时，一方面，各国都坚持反垄断法的域外适用原则，寻求在域外的效力；另一方面又反对和抵制他国的反垄断域外效力，积极制定阻却条款，限制他国的判决在本国的执行。例如，澳大利亚的1979年《外国反托拉斯判决法》第3条规定，如果外国反托拉斯判决对其他国家的贸易或商业产生有害的影响，这种判决在澳大利亚是无法律效力的。新西兰1980年《证据修正案》规定，总检察长有权禁止为外国当局提供任何资料和证据。如此一来，就造成了域外执行方面的冲突。域外调查取证、诉讼文书送达、判决的承认和执行都会因得不到他国的司法协助而存在执行困难，进而架空了反垄断法的域外效力。因此，正如学者所说，“主张反垄断法域外适用原则的国家永远都面临着执行中的困难”。[8]（P18）
