不可否认的是，将一国反垄断法适用于他国，必然导致各种矛盾冲突的产生：
1．实体法上的冲突
随着经济全球化趋势的日益明显，外资并购在第五次并购浪潮中崭露头角，时至今日已风靡全球。外资并购是一把双刃剑，它在提高经济效率，促进经济发展的同时，也会因迅速推动经济集中形成垄断，限制竞争。而且，由于外资并购多是巨型跨国公司在两个或两个以上的国家进行的并购，其产生的影响不仅仅局限于一国之内，还会对更多的国家乃至导致国际性市场垄断结构的形成，加剧跨国公司在全球市场上的具体垄断行为。因此，很多国家的反垄断法都对外资并购行为加以规制。企业的经济活动日益国际化，跨国资本流动加快，跨国并购活动也愈发频繁，而反垄断法却无法统一。究其原因，是由于外资并购反垄断实体法上的差异，甚至对立，这也是外资并购反垄断规制需要国际协调与合作的内在动力。
美国与欧盟是制定企业合并反垄断规制的典范国家，他们的企业并购反垄断制度在实体法上的差异非常明显。实体法中实体标准又是其核心内容。实体标准的分歧，可能导致不同的审查机构在处理具体的并购案件时得出截然不同的结论。着名的美国通用电器并购霍尼韦尔国际公司案件就突出地反映了这一问题。这两个公司都是美国公司，在美国通过了此并购案之后，当要寻求欧盟的支持时，欧盟委员会作出了否决该项并购案的决定。我们不能简单地以对错来评判美国和欧盟对此案件的不同处理，它实际上体现了美欧双方对反垄断问题评判标准的严重分岐。美国采用的是实质减少竞争标准。该标准认为，“企业合并导致的相关产品的价格应该明显高于合并之前的价格，而且这种价格的差异在2年内难以消除。价格差异的显着变化随产业的不同而不同，不一定非要高于SSNIP市场界定法所要求的5%的幅度，在某些情形下也可以低于5%。”[4]（P82）因此，美国认为，对通用公司的并购不会在实质上减少竞争。当时，欧盟采用的是支配标准。如果一项并购产生或增强了并购方的市场支配地位，对整个欧洲市场的竞争秩序造成了实质性的妨碍，那么欧盟委员会就应当否决该项并购。有学者指出，在美国，对竞争者和竞争优势强调的不多，对竞争和未来价格的影响则考虑得更多一些。相反，欧盟并购规则更加注重对竞争者的保护。
而我国在经营者集中审查标准问题上，《反垄断法》第28条和《经营者集中审查办法》第10条都使用了“具有或者可能具有排除、限制竞争效”的字眼，此种表达具有极强的模糊性，因为所有的并购都是将企业资源整合集中，势必改变市场结构，对市场竞争产生限制作用。因此，对“具有或者可能具有排除、限制竞争效果”的经营者集中进行禁止则显然打击面过大。另外，在反垄断豁免条款方面，《关于外国投资者并购境内企业的规定》中详细列举了豁免的情形，而《反垄断法》仅笼统地规定“对竞争产生的有利影响明显大于不利影响，或者符合社会公共利益的”，该规定具有很强的模糊性，实践中难以把握。此外，《反垄断法》第27条列举了进行实质审查时应予考虑的因素，包括“对市场份额及其对市场的控制力，市场集中度，市场进入，技术进步，消费者和其他相关经营者以及国民经济的影响”等，该条规定过于笼统，其中对市场份额的确定，市场集中度的测算都没有明确的释义性配套法规和准确的界定方法。不难想象，在执法机构进行司法实践的过程中，难免会无据可依，无所适从。总体而言，在并购审查的实质标准方面，我国《反垄断法》规定相对原则，具有很大的不确定性。
事实上，这种立场上的对立，早在1997年的美国波音公司并购麦道公司的案件中就体现出来了。该并购事件使世界航空制造业由原来波音、麦道和欧洲空中客车三家共同垄断的局面，变为波音和空中客车两家之间的针锋相对。表面上看，两个同是美国的公司，但是由于波音公司并购麦道公司事件对欧洲飞机制造业的市场竞争构成了严重威胁，欧洲委员会便插手调查此案。在此案中，“美国联邦贸易委员会认为，波音与麦道合并后企业所具有的与大型商用飞机市场65%的市场份额（其中波音占60%，麦道占5%）并不意味着该市场的竞争将实质性地减少或受到限制”。[4]（P123）而欧盟委员会则认为两个公司合并后的规模和市场份额对其他竞争者造成巨大的负面影响。欧盟委员会与美国联邦贸易委员会对于波音公司与三家航空公司之间的排他性协议的看法也截然不同。美国联邦贸易委员会认为，对于排他性协议进行监管即可，而欧盟委员会要求解除该协议。最终波音与麦道并购案是在波音做出多项承诺之后，欧盟才同意了该项并购（注：波音公司为了完成兼并，向欧盟作出了多项承诺以消除并购对竞争的不利影响：1．波音公司同意放弃三家美国航空公司今后20年内只购买波音飞机的合同；2．接受麦道军用项目开发出的技术许可证和专利可以出售给竞争者（空中客车）的原则；3．同意麦道公司的民用部分成为波音公司的一个独立核算单位，分别公布财务报表。经15个欧盟国家外长磋商之后，7月24日，欧洲正式同意波音兼并麦道；7月25日，代表麦道75．8%的股份，持有2．1亿股的股东投票通过麦道公司被波音公司兼并。1997年8月4日，新的波音公司开始正式运行。）。由国籍日益淡化的跨国公司所进行的全球战略指导下的并购行为，对一体化程度越来越高的国际市场的自由竞争所构成的这种威胁，依靠任何单边的反限制竞争努力往往是无法消除的，一种日益明显的趋势就是，只有通过整个国际社会制定普遍接受的多边竞争规则才能有效地进行抑制。全球性的市场，需要全球性的市场竞争规则和实施机构来加以维护。[5]（P211）因此，基于外资并购反垄断实体法上的差异，进行国际合作与协调是非常必要的。
