卷宗移送制度非但没有抑制，反而强化了诉审关系的上述异化倾向。一方面，它使得法官在庭审前预先接触到公诉机关提交的证据材料，从而使得侦查结果对法官的心证形成了先入为主的影响，妨害了法官的中立；另一方面，它使得侦查程序和审判程序通过卷宗移送衔接起来，使得侦查程序成为了审判程序的准备，而审判程序成为了侦查程序的继续，从而将公诉机关提升到了与审判机关平起平坐的地位，使得由公诉机关承担证明责任等一系列使公诉机关当事人化的规则流于形式。
而唯起诉书主义则切断了侦查程序和审判程序之间的衔接关系，一方面防止了侦查结果对法官形成先入为主的影响，从而使审判机关更有可能保持中立。另一方面也使得审判程序真正成为了诉讼的中心程序，而不是侦查程序的继续，从而使得审判中心主义得以确立，使得法官取得了凌驾于控辩双方之上的地位，也使得一系列与审判中心主义相联系的诉讼制度和证据规则能够真正得以确立和落实。
首先，在卷宗移送制度下，法官在侦查卷宗的影响下极易形成有罪推定的预断，这使得无罪推定原则和控方承担证明责任的规定流于形式。而唯起诉书主义则要求公诉机关在起诉时只能提交起诉书以表明诉讼主张，不得附加任何证据材料，这使得起诉成为纯粹的公诉机关向审判机关提出诉讼主张的行为，使审判活动得以围绕公诉机关的主张是否成立而展开，使公诉机关提出主张和举证证明主张这两项活动明显地分离开来，从而使对被告人实行无罪推定和由控方承担证明责任的原则得以落实。
其次，在卷宗移送制度下，法官预先通过书面审查的方式接触控方意见，这本身有违公开审判、直接言辞和辩论原则等一系列堪称现代刑事审判基石的重要原则，而且也会使这些原则在庭审中的适用流于形式。相反，唯起诉书主义则使得法官只能依据控辩双方在庭审中的举证、质证和辩论来形成心证。
再次，在卷宗移送制度下，追诉机关将附带移送所有能支持其主张的证据材料或文书，这本身就有违传闻证据规则，同时，这些附件所涉及的证据也可能并不具有证据能力，却统统通过移送而毫无障碍地进入了法官的视野，对法官心证形成了影响，由此可见，在卷宗移送制度下，很多证据规则其实都难以确立。相反，唯起诉书主义则使得不具有证据能力的证据能够被排除在法官的视野之外。
（二）不告不理原则对诉审关系异化倾向的抑制
虽然审判机关与公诉机关的分离使得国家作为审判者和公共利益代表人的双重身份被剥离开来，但是，审判机关毕竟是国家的机关，国家作为公共利益代表人的身份仍对其具有潜在的影响。当犯罪这种侵害公共利益的行为发生时，审判机关很容易产生代表公共利益追诉犯罪的倾向，从而容易超越起诉的范围进行审判。审判机关超越起诉的范围进行审判，实际上就是不诉即审，这使得诉审关系远远地背离了其理想的格局，形成了审判机关与被告人的直接对抗。
