然而，受害国对索马里海盗的管辖离不开国际合作。《海洋法公约》第100条规定各国有合作制止海盗行为的义务。《罗马公约》第13条规定各缔约国通过包括交换情报在内的各种方式在防止公约规定的罪行方面进行合作。安理会有关反海盗决议更是多次呼吁各有关国家、区域性及国际性组织相互合作采取行动以有效打击索马里沿海海盗行为和武装劫船行为，包括将海盗嫌犯绳之以法。总的来说，捕获海盗的国家，如果不是相应的受害国，应当按照上述的国际法律文件，积极配合有关受害国追究海盗罪行。这种国际司法或执法合作是多方面的，包括情报交流、协助调查取证、嫌犯引渡等。此种国际合作会带来双赢的结果：捕获国解决了被捕海盗的审判和处罚问题，无需动用本国的司法和执法资源；受害国追究了海盗的法律责任，恢复了自己受损的权利。当然，最大的受益者，是整个国际社会，因为海盗行为作为一种国际罪行危害到国际社会全体的利益。
国际社会通力合作支持受害国对海盗进行管辖，这当然也包括区域性合作。实践证明，区域合作在打击海盗方面也可发挥重要作用。这方面的实际经验是，2004年11月在日本通过的《亚洲反海盗及武装抢劫船只区域合作协定》（2006年生效）。这是世界上第一个专门打击海盗和武装劫船行为的多边条约，它将对海盗行为的管制扩展到公海之外的那些发生在内水、领海和群岛水域的事件。虽然该协定只是一个区域性条约，但它在新加坡建立了一个“亚洲反海盗及武装抢劫船只区域合作协定组织”信息共享中心，[12]这种区域合作反海盗的合作模式受到了国际社会的好评。截至2010年11月，随着拥有世界最大船运公司的丹麦正式加入该协定组织，该协定拥有17个缔约国。
（四）利用现有的国际司法机构处理索马里海盗问题
实践中出现的对海盗捕而不审现象的背后，要么是许多国家没有在其国内法中规定海盗罪，要么是虽然不少国家在其国内法中对海盗罪做出了规定但相关的立法并不详细，抑或放纵海盗的国家并未受到法律的追究。凡此种种，都使人们将审判及处罚索马里海盗问题寄希望于国际司法机构的努力。
第一，国际法院（ICJ）。它作为联合国的主要司法机关，其当事方只能是国家，因此该法院不能用来审判海盗个人。但这并不意味着国际法院在应对索马里海盗问题上无所作为，相反，在理论上，国际法院是可以有所作为的。譬如，受害国可以到国际法院起诉索马里，因为索马里已经接受了国际法院的强制管辖。有学者指出，可以索马里违反了《海洋法公约》、《罗马公约》所要求的采取措施阻止具体的海盗行为的义务为理由，在国际法院起诉索马里。然而，这样的诉讼不可能获得任何实际的结果，因为索马里无力解决海盗问题，也无力回应国际法院的判决。[13]但是，通过国际法院对那些有能力但却消极履行打击海盗义务的国家施加压力，不失为一种富有参考价值的做法。
第二，国际刑事法院（ICC）。这个成立于2002年的常设性国际刑事审判机构，肩负着结束国际社会有罪不罚的历史重任。它对整个国际社会关注的最严重犯罪具有管辖权，它目前处理的罪行只有四种：灭绝种族罪、战争罪、危害人类罪和侵略罪。这几类国际罪行主要与战争或武装冲突相关。从《罗马规约》的条文上看，海盗罪并没有被包括在该法院管辖的范围之内。如果希望通过该法院解决海盗审判和处罚的问题，则需要考虑海盗行为能否构成上述的几种罪行。有美国学者认为，索马里海盗行为或许能构成《罗马规约》下的战争罪，因为战争罪包括广泛且非法的侵占财产、非法禁闭和劫持人质……海盗案件可以通过成员国的提交、国际刑事法院检察官开展的调查或联合国安理会的提交付诸国际刑事法院处理。[14]然而，将海盗罪解释成战争罪，未免过于牵强。这两者尽管有一些相似之处，但在现实中还是完全可以加以区别的。通过国际刑事法院解决海盗问题，思路可取，但近期内恐难实现，毕竟这涉及《罗马规约》的修订—增加“海盗罪”这个新罪名。何况，有不少学者和实务界人士都认为海盗罪历来都是由各国国内法院审理，其恶性也达不到《罗马规约》所规定的国际罪行的程度。[15]
