第二，司法程序繁琐。依照当代的国际法或国内法启动法律程序审判海盗时，要保障海盗的人权，即在逮捕、拘留、起诉和监禁等各个环节，都需要保障海盗的各类诉讼权利和人道主义待遇。而且，判决的做出需要有明确的犯罪事实、确凿的证据和受害人的出庭作证等等。在美国等一些西方国家，启动对海盗的诉讼程序繁琐而严格，法庭的行政费用昂贵。而且，审判程序中有可能遇到一些具体的问题，如证明海盗的身份或国籍就不是件容易的事。此外，“即便海盗们所提出的法律主张最终被认定是行不通的，这些主张本身就能够妨碍起诉并且增加拘留成本。因此，这些情况或许有助于解释西方国家为何不起诉海盗。”[9]
随着国际法的发展，特别是国际人道法和国际人权法的发展，对打击海盗施加了诸多程序上的限制。许多在旧时代无需考虑的问题，现在都需要认真的考量。当然，这些限制本身都是应该和必要的，其体现了国际法的文明和进步。虽然目前捕获的海盗嫌犯的法律地位还不确定，存在着有关海盗身份的不同的说法，诸如平民（一些嫌犯自称是被误抓的渔民）、战斗人员、被告、难民等，但有一点是肯定的：不论海盗嫌犯的法律地位是什么，他们的人权都必须获得保障，唯一的差别只是提供保障的法律依据不同，战斗人员应适用国际人道法，其他情况更多的是适用国际人权法。
第三，对海盗寻求在审判地国居留权的担忧。有的西方发达国家担忧索马里海盗会利用区域性人权保护条约的规定，向区域人权保护机构起诉逮捕国，或者要求在逮捕国寻求庇护和申请成为难民等方式，达到长期居留在审判国的目的。孔托洛维奇教授指出，据说英国命令其船舶不得俘获其遭遇的海盗，因为海盗们可能会在登上英国船舰的那一刻，依据欧盟人权法要求庇护，如果他们被带回英国受审就肯定会这样做。海盗嫌犯很可能声称，如果把他们遣送回法律和秩序几乎崩溃的索马里，他们将遭到不公正的审判、酷刑以及法外的死刑。获得在西方国家的居留权对大部分索马里人而言无疑是件好事。这样的“回报”只会使海盗问题恶化。任何批准了欧洲人权公约的国家都存在类似的担忧。[10]
此外，一些国家因其国内法中没有将海盗行为定为犯罪的条款或对海盗嫌犯提起有效刑事起诉的程序条款，所以无法将抓获的索马里海盗绳之以法，而是将海盗释放了事。
三、关于有效审判和处罚索马里海盗的思考
审判和处罚海盗是一个困扰国际社会的大难题，国际社会各方一直在努力解决这个悬而未决的问题。由于国际法的发展和新世纪的时代特点，使得问题的解决变得不同以往，旧时代的做法已失去了参考价值，需要依靠新思路才能打开局面。针对当前审判和处罚海盗所面临的难题，如下的一些探索值得思考。
（一）建立信托基金资助对索马里海盗的审判及处罚
如前所述，起诉和关押索马里海盗需要支付不菲的开支，因此抓获海盗的国家可能会回避对海盗的管辖。如果对有关国家在审判和处罚海盗上进行财力支持，或许能在某种程度上改变这种状况。联合国安理会似乎也持同样的观点，在第1918(2010)号决议中提到“赞扬海盗问题联络小组决定建立一个国际信托基金，以资助由禁毒办管理的索马里沿海海盗问题联络小组采取举措，支付与起诉海盗嫌犯有关的开支并资助其他打击海盗行为的举措，欢迎参与国家提供捐款，鼓励其他潜在捐助者为该基金捐款。”
