3、犯罪对象的范围不同。抗税罪侵害的对象是执行税收征管任务的税务人员;而妨害公务罪侵害的对象则是执行职务的国家工作人员，后者范围较广，前者属于后者的一种。
4、侵犯的客体不同。妨害公务罪侵犯的是国家机关的公务活动;抗税罪侵犯的是国家的税收管理制度。在实践中，纳税人以暴力、威胁方法阻碍税务人员依法征税的，都应以抗税罪论处。只有不负有纳税义务的个人以暴力、威胁方法阻碍税务人员征税，且事先与纳税人无通谋的，才构成妨害公务罪。
三、妨害税务人员执行公务行为的法理分析
实际上，抗税也是妨害公务的一种表现形式，抗税罪与妨害公务罪存在法条竞合的关系，即二者的构成存在包容与被包容的关系。由于抗税与一般的妨碍公务有着特殊之处，从而立法将其从妨碍公务中抽出来单独规定，这样，对于抗税罪与妨害公务罪的竞合情况，应适用抗税罪的法条。
在司法实践中抗税罪与妨害公务罪易混交的情况主要是发生在税务工作中的妨害公务行为的认定上。也就是说，抗税必然表现为妨害公务，但妨害公务，包括妨害税务公务的行为并不必然是抗税。
(一)从犯罪主体上来分析
抗税罪的犯罪主体只能是纳税人和扣缴义务人，而妨害公务罪的犯罪主体则是一般主体。在司法实践中，从主体上区分抗税罪与妨害公务罪，可分为下列情况下处理：
1、纳税人和扣缴义务人以外的一般人以暴力、威胁方法阻碍税务人员的依法纳税的，应定妨害公务罪。
例如，主案例(一)中由于陈某树没有参与实施犯罪，也即陈某树与陈某桂不存在共同犯罪故意，对于陈某数殴打税务人员的行为的定性，就集中在陈某树是不是纳税义务人上。如果陈某树不是纳税义务人，其行为也就不可能构成抗税罪。陈某树与陈某桂虽是夫妻关系，但该食杂店的经营执照是以陈某桂的名义申请登记的，从经营的实际情况看也是陈某桂负责进货、销售、缴纳税款，而且陈某树是个体驾驶员，长期在外搞运输，不可能对该杂食店的经营进行管理，因此，该店的纳税义务人是陈某桂而不是陈某树。根据我们刑法罪责自负的原则，陈某树与陈某桂虽然是夫妻，但陈某树也不是应纳税的义务人，构不成抗税罪的主体要件。事实上，陈某树的行为也不符合抗税罪的主客观要件。虽然陈某树的主观上明知甘某是正在执行税收公务的税务人员，而对其进行漫骂、殴打，但陈某树是为了澄清税收标准，对税务人员甘某收税金额不一的做法表示疑义，并非是对正常的纳税不满而教唆他人免交税收或采取暴力方式抗拒纳税，达到逃避缴纳税款的目的。所以，陈某树主观上没有违反国家税收法规，逃避缴纳应交纳税款的直接故意，构不成抗税罪的主观要件，另外，陈某树在客观上虽然有与执行税收公务的甘某发生争执，进而动手殴打甘某的行为，这是由于陈某树对甘某收税金额不一的作为表示疑义而引起的，并非是违反国家税法法规，抗拒缴纳税款的行为，而是阻碍国家工作人员依法执行职务的行为。抗税罪在客观方面必须有抗拒税收的行为，本案陈某树的行为虽是我国法律所不允许的，但不符合抗税罪必备的客观要件。陈某树的行为符合妨害公务罪的构成特征，应定妨害公务罪。
