7月6日第三次开庭时，争议的焦点是双方是否相撞。由于事发当日接处警的城中派出所将对彭宇的询问笔录不慎丢失，在法庭上，该所便提交了由原告徐寿兰儿子在其母住院接受警官询问时，用手机自行拍摄的这份原始笔录照片，以及据此誊写的材料，其中主要内容是彭宇陈述2人相撞时的情况。虽然该照片显示的内容已经当时做笔录的警官确认，但由于其来自原告的儿子，因而受到彭宇及旁听庭审的媒体记者质疑。
9月3日，鼓楼区法院作出一审判决，认定原、被告相撞事实，其主要理由：一是城中派出所提交的原、被告相撞证据（接警时对双方的询问笔录、警官证词等），能够相互印证并形成证据链；二是由被告申请的证人，并没有看到原告摔倒的过程，只看到被告扶起了原告，也就不能排除此前原、被告相撞的可能性；三是被告本人在接受警方询问和第一次庭审时，并没有表示自己是见义勇为，也没有否认相撞的事实，只不过不是“撞人”而是“被撞”，因而对其自称是见义勇为的主张不予采信。
一审判决同时认为，虽然原告系与被告相撞后受伤，但由于原告在乘车过程中无法预见将与被告相撞；被告在下车过程中因为视野受到限制，也无法准确判断车后门左右的情况，因而在本次事故中，原、被告双方均不具有过错。依据民法通则按公平责任分担损失的原则，判决被告彭宇承担40%的民事责任，给付原告徐寿兰4.5万元。
因双方当事人均不服一审判决提起上诉，南京市中院于当年10月初进行调查，并在南京市公安局指挥中心查找到事发当日双方分别报警时的两份接处警登记表，其中的“报警内容”一栏，均记录了两人相撞的情况，这些新证据为澄清事实提供了重要佐证。
在南京中院二审即将开庭之际，彭宇与徐寿兰达成庭前和解协议，其主要内容是：彭宇一次性补偿徐寿兰1万元；双方均不得在媒体（电视、电台、报纸、刊物、网络等）上就本案披露相关信息和发表相关言论；双方撤诉后不再执行鼓楼区法院的一审民事判决。
对于调解结果，彭宇最近也表示，在2006年11月发生的意外中，徐寿兰确实与其发生了碰撞，事后经法院调解，他对结果表示满意。
误读原因
刘志伟说，为什么一起经法院审结、当事人已和解的普通人身损害赔偿纠纷案，在公众舆论中成了“好人被冤枉”、“司法不公”的典型案例，并被斥之为社会道德滑坡的标靶？追踪“彭宇案”的演化过程，主要有以下几个方面的原因：
