（二）停止侵权的适用原则
停止侵害民事责任形式适用于正在进行中的侵权行为，但并非是只要存在进行中的侵权行为，就当然责令停止侵权。一直以来，停止侵权当然论在我国占主流地位。但是，前述案例使得停止侵权已经在客观上不能再当然适用。所以，我们应当对当然论的合理性、合法性进行反思。专利权乃至知识产权，属于绝对权，其本身就包含了排除他人使用的权利。《专利法》第11条规定，专利权被授予后，除另有规定的以外，任何单位或个人未经许可，都不得实施其专利。以此为基点，得出了当然论。在这里我们的思维逻辑发生了错位，将权利的设定与权利救济的设定混在了一起。在美国的eBay案中，二审法院的判决亦是如此。判决认为：专利是个人的私有财产权，这个法定权利的本身就包含了永久禁令的救济。[59]但是，美国最高法院认为二审判决是没有依据的。美国专利法第154条第（a）（1）和第283条并不矛盾，前者属于权利的创设条款，后者属于侵害权利后的救济条款，不能混为一谈。要区分专利权原权和专利救济权。[60]因此，我们也应当破除当然论，在是否适用停止侵权民事责任时，依据利益衡量原则，进行判断。
第一，在双方当事人之间进行利益衡量。法院是否判决被告停止侵权，首先要对当事人之间的利害关系进行衡量。停止侵权的适用在当事人之间会产生较大影响，有时还会使当事人的正当利益受到限制。因此，必须运用成本分析法，衡量停止侵权的适用带来的利弊得失，避免出现较大的损失。当今世界随着科学技术的发展，发明创造日趋复杂，大多数的发明创造是在已有技术的基础上，借鉴、采用前人成果进而做出的改进或创新。因此，在每年的专利申请中绝大多数是改进的发明创造。在计算机、通讯技术、生物技术、半导体技术等高科技领域，一种产品中包含着成百上千的专利，形成了专利丛林。以至于一个公司生产一件产品时，稍有不慎，就会侵犯他人专利权。如果原告的专利在被告生产的产品中只占很小一部分价值时，责令被告停止侵权，将会给被告带来巨大损失。此时，就可以用支付合理使用费的方式代替停止侵权。实际上，类似的处理方式在我国的《软件着作权保护条例》中已经得到确认。该条例第30条规定：“如果停止使用并销毁该侵权复制品将给复制品使用人造成重大损失的，复制品使用人可以在向软件着作权人支付合理费用后继续使用。”
第二，在专利权人个体利益与公共利益之间进行衡量。在现实生活中，是否责令被告停止侵权，不仅仅只是与双方当事人利益有关，有时还会影响到公共利益。前述的案例中，被告在机场、发电厂的基础工程建设中未经许可使用了原告的专利技术，构成了专利侵权。但是，如果责令被告停止侵权，则必然导致公共利益的损失。我国宪法第51条规定，公民在行使自由和权利的时候，不得损害国家的、社会的、集体的利益和其他公民的合法的自由和权利。《民法通则》第7条规定，民事活动应当尊重社会公德，不得损害社会公共利益。因此，法院在决定是否支持原告的停止侵权诉求时，必须在专利权人个体利益和公共利益之间进行衡量。若判令被告停止侵权将会影响公共利益时，法院就不应再支持原告的诉求。
在我国学界中通说主张停止侵权当然论。但是，法院在处理案件时，已经意识到民事责任的承担有其灵活性，在实践中可以根据具体案件情况和实际需要，依法确定具体的民事责任承担，使确定的民事责任既与侵权行为相适应，又能够充分保护权利人的合法权益。曹建明在第二次全国法院知识产权审判工作会议上的讲话中指出：“要根据案件具体情况，合理平衡当事人之间以及社会公共利益，如果停止侵权会造成当事人之间的利益的极大失衡，或者不符合社会公共利益，或者实际上难以执行，可以根据案件具体情况进行利益衡量，在采取充分切实的全面赔偿或者支付经济补偿等替代性措施的前提下，可不判决停止侵权行为。”[61]
（三）停止侵权的适用方式
在我国法院以往的判决中，停止侵权的适用过于空泛，大多是在判决主文中简单地写上一句话：被告立即停止侵犯原告某某专利权的行为。至于停止行为的具体内容、怎么停止、不停止的后果，均不涉及，以至于原告申请执行时，发生执行困难。在现实中，被告从事侵权活动大都会购置机器设备、原材料等。在侵权被制止时，还会有侵权产品或半成品。但是，在司法实践中，法官认为：销毁有关机器设备属于令被告人承担消除危险的民事责任，销毁侵权产品属于排除妨碍的民事责任。消除危险、排除妨碍是独立的民事责任，停止侵权包含不了。由此使得法官无所适从。[62]这既降低了判决书的公信力，又削弱了司法保护的力度。
为使停止侵权民事责任能够真正落实，笔者建议根据当事人的诉讼请求、案件的具体情况和责令停止侵害的实际需要，审判法官在判决主文中应尽可能地用准确的语言写明被告应该停止实施的具体行为种类和内容。还可以责令被告将制造侵权产品的专用设备、侵权产品移交给原告，或者责令被告进行销毁。[63]此外，应区分审理阶段和执行阶段。审理阶段的目的是解决民事争议，以确认、保护权利；执行阶段的任务是将生效法律文书的内容付诸实施。因此，判决书责令被告停止侵权，被告拒绝停止时，原告可以向人民法院申请执行。执行员发出执行通知后，被告仍不履行的，可以强制执行。凡是能够制止侵权行为继续实施的具体方式，原则上都可以归入停止侵权的执行措施范围。因此，执行法官行使执行权有一定的空间，而不是完全拘泥于判决书的内容。执行法官可以根据案件的特点和被执行人的具体情况，作出执行裁定。但是，采取销毁措施应当与侵权行为的严重程度相当，以确有必要为前提，不能造成不必要的损失，应体现TRIPs协议第46条规定的比例原则。此外，可以借鉴英美法系国家的做法，在法律中明确规定违反停止侵权民事责任的惩罚措施，以加大停止侵权民事责任对被告的震慑力。
