对于停止侵害民事责任的设立宗旨，我国虽有一些学者主张：与禁令具有同样的目的，是为了阻止尚未发生的侵权损害，而不是对已经发生的损害的救济。[14]但是，侵权责任法领域的专家学者认为：停止侵害是针对正在进行的侵权行为下达的。对于已经终止和尚未实施的侵权行为，不适用停止侵权的责任方式。停止侵权责任方式的主要作用在于：能够及时制止侵权行为，防止扩大侵害后果的产生或漫延。[15]我国司法界亦持该观点。《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》（法释〔2001〕21号）第23条规定，“权利人超过2年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在继续，在该项专利权有效期内，人民法院应当判决被告停止侵权行为。”2008年9月5日由最高人民法院知识产权庭主办、北京市高级人民法院承办的知识产权侵权责任调研课题成果论证会上，与会人员普遍认为，停止侵害应以侵害行为的违法性和侵害行为正在进行或仍在延续中为适用条件。[16]
第二，禁令的适用条件严格，一般不能与赔偿损失并用；停止侵权的适用条件宽松，可以与赔偿损失合并适用。
由于禁令制度根植于衡平法，根据传统衡平法的原理，原告在诉讼中寻求禁令救济，必须符合“四要素检验标准”：原告已经遭受了不可弥补的损害；法律上的救济方式，例如经济损害赔偿，不足以弥补损失；权衡利弊，即原告因侵权遭受的损失与被告因禁令遭受的损害之间的权衡；禁令的签发不会对公共利益造成危害。因此，禁令的申请人必须向法院证明，如果不颁发禁令将会使其无法获得充分、完全的法律补偿，从而造成无法弥补的损害，即不能以金钱补偿或不能以金钱标准衡量的损失。[17]只有通过普通法的损害赔偿得不到充分救济的当事人，才能获得衡平法的禁令救济。当事人遭受的损害如果能够获得损害赔偿金的充分补偿，法院将不会发布禁令。[18]在我国，依据《民法通则》第134条第2款、《侵权责任法》第15条、法释〔2001〕21号第23条，停止侵权与赔偿损失既可以单独适用，也可以合并适用。并且，原告如果在诉请中要求停止侵权，只需要向法院证明要求保护的权利正在受到侵害即可，无需证明损失是否能够由赔偿损失民事责任予以填补。
第三，禁令是一种非常态的救济措施，法院在禁令的实际运用中，态度审慎；停止侵权在我国是一种最常见的救济措施，适用停止侵权被认为是理所当然。
长期以来，禁令在美国专利侵权诉讼中适用的规则与在其他类型诉讼中并不相同，不适用传统禁令的“四要素检验标准”。在专利权人胜诉的情况下，根据当事人的申请，法院几乎会毫不犹豫地签发禁令，仅仅在一些极其例外的情形下，法院才拒绝签发永久禁令。即法院下达禁令在专利案件中是作为“一般规则”：一旦专利侵权和专利有效性被确定后，法院就应该签发永久禁令。[19]集中审理专利上诉案件的联邦巡回上诉法院在20年内没有拒绝对任何一个认定侵权的被告签发永久禁令。[20]美国法院认为：专利权是一种排他权。当法院判定侵权成立时，当然应该发出禁令。排他权本身即意味着禁令的正当性。[21]但是，美国最高法院通过eBay案否定了原来长期奉行的禁令“一般规则”。该案中，弗吉尼亚东部地区法院一审判决认定被告构成专利侵权，责令被告赔偿损失3500万美元，但拒绝颁发永久禁令；二审中，联邦巡回上诉法院延续适用一般规则，认为只要认定专利有效、专利侵权成立，就应该无可争议地给予永久禁令的救济。[22]2006年5月15日，美国联邦最高法院9名大法官全体无异议地做出终审判决，撤销了二审判决，将案件发回重审。美国最高法院在判决中否认了一、二审法院的做法，认为：美国专利法第283条赋予法院在专利诉讼中根据衡平原则对签发禁令进行自由裁量的权利。因此，作为衡平救济措施的永久禁令，并不是在认定侵权后就必然自动签发。传统的衡平法中禁令的“四要素检验标准”同样适用于专利案件。eBay案推翻了联邦巡回上诉法院长期奉行的专利诉讼中永久禁令的“一般规则”。eBay案后，巡回法院及各地区法院均遵守eBay案的规则，重新确立“四要素检验标准”，更加严格地签发永久禁令，从而保障了禁令规则在法律适用上的统一性。[23]
而在我国，停止侵权是目前专利侵权乃至知识产权侵权案件中适用最广泛的一种民事责任，几乎在所有的原告诉请中均有对停止侵权的要求，一般也都能得到法院的支持。只要有侵权事实，就必须负“停止侵权”的责任。[24]停止侵权当然论一直以来在我国立法、司法、学界中居于主流地位。
第四，禁令可以有期限，停止侵权一般没有期限。永久禁令并不意味着绝对永久有效，[25]其适用方式灵活。在某些情形下，法院可以根据当事人的申请或案件情况，发布无限期或有期限的禁令，可以为禁令设定一定的时间段。法院可以要求被告提交定期报告以证实其遵照执行；而且法院可以任命一名辅助司法官员监督其遵照执行。禁令也可在后来随情况的变化而加以更改。[26]此外，还有禁令的停止执行和缓期执行。虽被告的行为对原告的权利构成侵害，但是原告没有受到实际的损害，法院往往停止禁令的执行从而避免使被告蒙受不利。禁令的缓期执行是指为禁令设定一定的有效期，过期则自动失效。[27]
