WTO把自由贸易的价值拔高到其他价值，如环境保护以及工人、消费者和穷人的权利之上。[31]而政府却发现（正如它们在国内那样）各种重要的政策之间是冲突的，贸易自由化政策往往与环境目标、人权规范和劳工标准发生冲突。如果这些政策冲突的“困境”发生在一个民族国家之内，它们必须通过该国的政府机构加以理顺。但当类似的冲突发生在国际层面时，就必须寻求有关国际机构担此重任。不幸的是，国际机构明显比大多数国内机构软弱。[32]甚至在欧共体-荷尔蒙案中，[33]上诉机构指出，促进国际贸易与保护人类的生命和健康“有时是相互竞争的”利益。[34]因此，WTO法与人权法之间确实存在跨体制的规则冲突。
贸易与人权之间规则冲突的表现形式是多方面的，或者说是多层次的。其最浅层次的冲突是一种权利性的冲突。就WTO对权利的影响而言，它增加了新的权利、扩大了权利的效力范围以及提高了权利的保护标准。这自然会对维护人性尊严的人权权利产生深刻的影响，比如知识产权对抗健康权、生命权。《TRIPS协定》要求所有WTO成员方给予知识产权以高标准、高规格保护，但发展中国家国民的健康权却未能越出国界一步由所有成员方共同保护，其结果往往导致跨国公司的知识产权“越界”吞噬发展中国家国民的生命权和健康权。[35]
由此，《TRIPS协定》受到了指责。专利垄断的结果是提高了发展中国家药品的价格，严重限制了专利药品的便宜仿制药的可获得性，减少了公众获得基本药物的机会。显然，在发展中国家，专利药品的成本已经成为提供更多艾滋病治疗的障碍。在一般公众看来，WTO已经做了许多使该组织失去正当性的事情。[36]事实上，从1998年开始，许多有影响力的非政府组织，如无国界医生组织等，均对《TRIPS协定》的实施可能不利于保护贫穷国家的公共健康表示了关注。[37]由于保护知识产权与保护生命和健康权这两类义务都如此繁重，WTO各成员方在同时履行这些义务时往往顾此失彼，难以兼顾，发生冲突也就在所难免了。而在出现潜在的或者真实的冲突的情况下，如果其中一类义务是与有效的实施机制和制裁联系在一起的，另一类则不是，其结果便可想而知。[38]
（三）与国际劳工标准之间的潜在冲突
国际贸易与劳工标准之间的关系问题，很早就受到国际社会的关注。在GATT的前身、国际贸易组织（ITO）的谈判中，国际劳工问题扮演了重要角色。ITO条约第一次反映了在多边贸易协定的框架内积极讨论劳工问题。《ITO宪章》第7条规定：“……各成员认识到，不公平的劳动条件，尤其是在出口生产中，造成了国际贸易的困难，据此，各成员应采取一切适当和可行的行动消除其领土内的这类劳动条件。”[39]GATT建立之后，1952年底GATT框架内的劳工问题首次出现，在当时日本申请加入GATT的谈判中第一次尝试在GATT协定中包括劳工标准的明确规定。[40]
乌拉圭回合谈判结束后不久，GATT的缔约方一致认为，贸易与劳工是新诞生的WTO应该关注的新的议题之一。WTO协定也规定，其宗旨之一，就是“提高生活水平，保证充分就业，大幅度稳步地提高实际收入和有效需求”。1996年12月WTO新加坡《部长宣言》对劳工标准问题作了如下宣示：“我们再次承诺遵守国际承认的核心劳工标准。国际劳工组织是制定和处理这些标准的主管机构，我们明确表示支持该组织为提高这些标准所做的工作。我们认为，贸易增长和进一步自由化促进了经济的增长和发展，经济增长和发展有利于这些标准的提高。我们反对为保护主义目的而使用劳工标准，并承认一些国家，尤其是低工资发展中国家在这方面的相对优势。为此，我们注意到，世界贸易组织和国际劳工组织秘书处将继续现有的合作。”[41]
假设一WTO成员方得到其他WTO成员方承诺的贸易减让，其生产的鞋类和纺织品以优惠关税进入其他WTO成员方的市场，而其他WTO成员方之所以这样做，是预期该成员方将继续尊重国际劳工标准，比如，关于禁止使用童工的《最低就业年龄公约》。如果该成员方雇佣儿童生产鞋类和纺织品，违反了这项国际公约，则导致其他成员方对该成员方减让的贸易价值的丧失。[42]实际上，涉及国际劳工权益保护的贸易争端曾经被提交WTO争端解决。由于缅甸违反了劳工标准，尤其是使用强迫劳动，美国马萨诸塞州法律对与缅甸进行商业活动的公司施加限制。1998年欧共体和日本就马萨诸塞州法律实施的制裁向WTO提起申诉，同年10月WTO成立了专家组。不过，在联合挑战该法律成功之后，欧共体和日本撤回了它们的申诉。[43]
又假设WTO的两个成员方缔结了一项双边协定，通过进口禁令处罚低廉的劳工标准。如果出口的玩具被认为是在罢工权利没有得到充分保护的条件下制造的，一方可以停止进口另一方生产的这些玩具。实践中，已经有一些双边自由贸易协定包含或涉及劳工标准。[44]显然，WTO体制以外的这些有关劳工标准的国际文书与WTO的自由贸易规则也存在冲突的可能。此外，WTO协定把《保护工业产权巴黎公约》等国际知识产权条约纳入了《TRIPS协定》，要求各成员方保护商标权，也可能导致知识产权与劳工权益的对抗。当WTO确保米老鼠比制造玩具的工人享有更多的权利时，它的公信力受到了削弱，因为它包含商标权但不包含劳工标准。[45]
