（5）主张取消缘坐。沈家本在《删除律例内重法折》中认为：“一案株连，动辄数十人，夫以一人之故而波及全家，以无罪之人而科以重罪，汉文帝以为不正之法，反害于民，其言皆笃论也”；而且西方刑事立法中贯彻的亦是“刑罚止及一身”原则。
（6）注重刑罚的教育感化作用。虽然沈家本虽然强调刑罚在治国中的作用，但他反对纯任刑罚，而主张刑罚惩罚与教育感化作用并施。他认为纯任刑罚难以起到减少和防止犯罪的作用，因为“犯罪之人歉于教化者为多，严刑厉法可惩肃于既往，难望湔祓于将来。”[13]且近世各国所谓“刑者乃出于不得已，而为最后之制裁也。幼者可教而不可罚，以教育涵养其德性，而化其恶习，使之为善良之民。此明刑弼教之义也”。[14]由于清旧律规定，刑事丁年为十六岁，沈家本认为“丁年以内乃教育之主体，非刑罚之主体”。故沈家本主张：“凡幼年犯罪，改用惩治处分，拘置场中，”进行教育感化，以尽“明刑弼教”之意。[15]1907年完成的草案第11条规定“凡未满十六岁之行为，不为罪，但因其情节，得命以感化教育”。遗憾的是最终颁布的《大清新刑律》吸取奕匡等人的意见把“十六岁”改为“十二岁”。
（7）将部分旧律中的罪名删除。例如《大清律例》规定，女子与他人通奸，奸夫、奸妇均构成犯罪，并处以杖九十之刑。沈家本认为：“奸非之罪自元以后渐次加重，窃思奸非虽能引起社会国家之害，然径以社会国家之故，科以重刑，于刑法之理论未协。例如现时并无制限泥饮及惰眠之示，原以是等之行为非刑法所能为力也，奸非之性质亦然。惟礼教与舆论足以防闲之，即无刑罚之设。”[16]依据《大清律例》，官吏及应袭荫的官吏子孙嫖娼者，杖六十；官吏、僧道官、僧人、道士、监生、生员等邀妓女陪酒，均构罪处刑；失火烧毁自己的房屋，构成“失火”罪，处笞四十之刑。在沈家本等人主张将其非犯罪化。《大清新刑律》均将排除这些行为的犯罪性。另外，在旧律中原本以刑事手段调整的继承、分产、婚姻、典买、田宅、钱债民事行为，因沈家本等人主张民刑分离，而不再科罪处刑。
（8）将旧律中的部分罪名的法定刑降低。例如沈家本认为旧律对亲属相奸之罪规定斩立决，实在太重。正是由于刑罚太重，故对于此类案件“从无人举发”，“法太重则势难行，定律转同虚设；法稍轻则人可受，遇事尚可示惩”。所以他认为亲属相奸只应依《修正刑律草案》的规定，处三等至五等有期徒刑。在沈家本等人的坚持下，侮辱罪、强盗罪、伤害罪等众多罪名的法定刑较旧律大为减轻。
