专利权行使中的排他效力主要是指在获得专利权后排除他人非法使用的情形，主要体现在以下几点：第一，专利侵权责任制度。专利侵权责任主要有停止侵害和赔偿损失，前者指当专利侵权行为发生后，根据专利管理机关的决定和人民法院的判决，受害人有权请求侵权人立即停止正在实施的专利侵权行为。后者主要指在发生专利侵权后，依法判令侵权人赔偿受害人因侵权而受到的实际损失，以使被破坏的专利权行使状态回复于正常。第二，专利权与商标权之间的排他效力。专利权与商标权之间的排他效力主要体现在外观设计专利权与商标权之间。外观设计专利权的客体是产品的形状、图案、色彩或其组合，与商业标识可能重叠，如果二者重合，权利主体又不是同一主体时，二者就会发生冲突。在此情况下，排他效力体现“保护在先权利”原则。如果外观设计专利权在先，而商标权在后，在先的外观设计专利权排除在后的商标权，除非获得外观设计专利权人的许可，否则，商标权应当予以撤销。但我们同时也要看到，由于外观设计专利权地取得仅需经过形式审查，权利取得期限较短，往往只需几个月，而商标权的获得要经过一年的核准期和3个月的异议期。所以，要防止恶意外观设计专利权人利用这个“时间差”早于商标申请人获得专利权。第三，专利权与着作权之间的排他效力。专利权与着作权之间的排他效力主要发生在外观设计专利权与着作权之间。即当作品，特别是美术、摄影作品与外观设计专利权的客体—形状、图案、色彩或其组合可能产生交叉重叠时。由于着作权采用自动取得原则，一般来说，着作权取得在先，外观设计专利权取得在后，在先着作权排除在后的外观设计专利权行使的正当性。
专利权在行使过程中，其客体还可能与在先商号权、知名商品特有包装或者装潢使用权、在先商业秘密权、集成电路布图设计权等权利客体之间存在交叉重叠，这些权利之间也会产生排他 力。处理冲突的规则仍然是保护在先权利原则，同时兼顾利益平衡原则。
（二）商标权排他效力的制度化实现
商标权排他效力主要体现在商标法的注册在先原则和使用在先原则上。第一，注册在先原则。注册在先原则又称申请在先原则，是指两个或两个以上申请人，在相同或类似的商品上以相同或者近似的商标申请注册时，申请在先的商标申请人可获得商标专用权，在后商标注册申请被予以驳回。[11]商标注册在先原则是一商标一权原则和商标注册原则的延伸。第二，使用在先原则。商标使用在先原则由来已久，但是由于使用范围难以界定、使用先后不易查明等弊端导致其在多数国家商标法中为注册在先原则所取代，使用在先原则成为注册在先原则的补充。使用在先原则是以使用的先后顺序来确定商标权的归属，我国《商标法》中有三处体现了使用在先原则：一是同日申请人之间先使用者排除后使用者；二是他人已经使用的有一定影响的商标排除抢注的商标权；三是驰名商标权排除注册商标权。
