欧盟委员会的草案对豁免条例做了较多的规定，包括欧盟委员会可以通过条例宣布第81条第1款不适用于某些类型的协议，撤销豁免对个案的适用，以及发布终止豁免条例适用的条例等等。但正式条例没有赋予欧盟委员会一般性地制定不适用性条例的权力，而是将其严格限于理事会已经授权制定条例的领域，如保险、海运等，只有在这些领域内，欧盟委员会才可以撤销豁免利益，也只有在这些领域内，在一国市场构成独立市场时，该成员国竞争当局可以撤销豁免利益。
三、实施条例的配套改革
2004年4月，在欧盟扩大前、上述实施条例即将生效的最后一个月，欧盟委员会通过了一系列的实施条例和准则，具体实施上述实施条例。这些条例和准则包括：欧盟委员会程序条例、[5]竞争当局网络合作准则、欧盟委员会与成员国法院合作准则、欧盟委员会处理申诉准则、第81条和第82条所涉新问题非正式指导准则、第81条和第82条所含贸易影响准则、欧共体条约第81条第3款适用准则。这些条例或准则，或者是新制定的，或者是取代了以前的。无论是哪一种情况，都是过去制度的现代化，代表了最新的规定。
1、竞争当局网络合作
根据竞争当局网络合作准则，[6]欧盟委员会与各成员国竞争当局构成了欧洲竞争网络。根据实施条例确立的共同管辖制度，所有竞争当局都有权适用第81条和第82条，并对案件的有效分配负责。同时，每一网络成员在决定是否调查案件时，都保留完全的裁量权。根据这一共同管辖制度，案件的处理遵循下述原则：案件由一个成员处理（可能时其他成员给予帮助），几个成员共同处理；欧盟委员会处理。在大多数情况下，由收到申诉或开始正式程序的成员处理。特殊情况下，进行案件的重新分配。当某成员认为其适于处理，而其他成员认为适宜处理时，进行案件的再分配。除了各成员间的密切合作外，成员国当局不得做出与欧盟委员会决定相矛盾的裁定。
2、欧盟委员会与成员国法院的合作
欧盟委员会与成员国法院之间的合作，主要根据欧盟委员会与成员国法院合作准则来处理。[7]在国内法院被其政府指定为成员国竞争当局时，竞争当局网络合作准则也适用。根据国内法赋予法院的职能不同，国内法院可能在行政、民事或刑事诉讼程序中适用第81条和第82条。在没有必要同时适用国内竞争法时，国内法院也可以适用第81条和第82条；在对影响成员国之间的贸易的协议适用国内法时，应同时适用欧共体规则。不应根据国内法禁止不违反第81条第1款或符合第81条第3款的协议，不能根据国内法支持违反第81条第1款并且不符合该条第3款条件的协议。这实际上确认了欧共体竞争规则的优先效力。上述规定主要是与第81条相关的规定。对第82条所包括的滥用支配地位的单方行为，尽管实施条例没有类似的规定，但根据欧共体法的优先原则，国内法院不应适用与其冲突的国内法，不管该国内法是在欧共体法之前或之后通过。在程序方面，欧盟委员会可以并且有义务向法院提供相关信息，法院可以向欧盟委员会寻求指导意见；国内法院应帮助欧盟委员会执行欧共体竞争规则，帮助欧盟委员会的调查。
3、欧盟委员会对申诉的处理
欧盟委员会处理申诉准则，[8]着重就欧盟委员会对申诉的处理做出了规定。但该准则同时指出了申诉的多种可能渠道，法院和竞争当局处理申诉的优势和案件分配情况。根据欧盟法院判例法，只有国内法院才可以就违反竞争法的赔偿问题做出裁决。就欧盟委员会处理申诉来说，申诉必须符合表格C的要求，该表格详细规定了申诉方应提供的信息。同时，申诉方必须具有合法利益。一般来说，企业及其协会，消费者协会，经济利益受到直接不利影响的个体消费者，地方或地区性公共机构，都可以提出申诉。成员国对任何申诉都被视为有合法利益。欧盟委员会在对申诉进行审查时，主要从两方面进行审查。一是审查申诉是否具有欧共体利益，二是根据第81条和第82条对申诉的事实和法律进行评估。除其他因素外，评估标准涉及四个主要问题：一是申诉对象是否可能对成员国之间的贸易有影响，二是申诉对象是否属于不重要的轻微限制，三是审查申诉对象是否满足集体豁免条例的要求，四是审查申诉对象是否满足第81条第3款的条件。欧盟委员会对申诉的处理享有裁量权，视具体情况采取相应的措施。
