《刑事诉讼法》第 128条规定：“犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址、身份不明的，侦查羁押期限自查情其身份之日起计算，但是不得停止对其犯罪行为的侦查取证。对干犯罪事实情楚．证据确实、充分的．也可以按其自报的姓名移送人民检察院审查起诉。”根据刑诉法的规定，这一条款主要是适用于逮捕后的侦查羁押期限的计算问题。但是《规定》的第112条竟然规定，犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址、身份不明，在30日以内不能查清提请批准逮捕的，经县级以上公安机关负责人批准，拘留期限自查明其身分之日起计算，但不得停止对其犯罪行为的侦查。显然，公安部的这一解释将刑事诉讼法所规定的逮捕后的侦查羁押期限的计算方法，任意扩大到了逮捕前的拘留阶段，显然与刑事诉讼法第 128条规定的精神不相符合。
现行刑事诉讼法仅仅规定，取保候审只能适用于可能判处管制、拘役或者独立适用附加刑的以及可能判处有期徒刑以上刑罚，采取取保候审不致发生社会危险性情况，并没有规定不得取保候审的对象。然而，公安部制订的《规定》第64条却规定：“对累犯、犯罪集团的主犯，以自伤自残办法逃避侦查的犯罪嫌疑人，危害国家安全的犯罪、暴力犯罪，以及其他严重犯罪的犯罪嫌疑人，不得取保候审。”最高人民检察院颁发的《人民检察院刑事诉讼规则》（以下简称《规则》）第38条也规定：“对于严重危害社会治安的犯罪嫌疑人，以及其他犯罪性质恶劣、情节严重的犯罪嫌疑人不得取保候审。”
按照刑事诉讼法的规定，撤诉只存在于自诉案件中，但是《规则》第351条却明确规定，对于“不存在犯罪事实、犯罪事实并非被告人所为或者不应当追究被告人刑事责任的，可以要求撤回起诉”，法院对于此要求，可以作出准许撤回起诉的裁定。
按照刑事诉讼法的规定，刑事诉讼法诉讼回避制度的范围仅仅包括六类人，即侦查人员、检查人员、审判人员、书记员、鉴定人以及翻译人员。但是，最高人民法院于2000年1月31日《关于审判人员严格执行回避制度的若干规定》第5条却将回避制度的适用范围扩大到非履行公职的律师和法院工作人员的亲属。该条明确规定：“审判人员及法院其他工作人员的配偶、子女或者父母，担任其所在法院审理案件的诉讼代理人或者辩护人的，人民法院不予准许。 ”虽然最高法院作出这一规定的有着防止曾与法院工作人员有亲属关系的诉讼代理人（也包括律师）利用“亲情”关系对审判工作施加不当影响的良好目的，但却有意无意地限制和侵害这些人依法参与诉讼的权利，也显然是对律师所享有的依法执业权的严重侵害。
《刑事诉讼法》第 162条第2项规定：“依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决，同条第3项规定：“证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。”应当说，从刑诉法本身的相关规定来看，这两种无罪判决在法律效力上并无不同，一旦判决生效后，均不得重新起诉和受理。然而，最高人民法院《关干执行＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》（以下简称《解释》）第117条却规定：“对干根据刑事诉讼法第 162条第（三）项规定宣告被告人无罪的，人民检察院依据新的事实、证据材料重新起诉的，人民法院应当依法受理。”
《刑事诉讼法》第162条的规定:“案件事实清楚,证据确实充分，依据法律认定被告有罪的，应当作出有罪判决；依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决;证据不足,不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足，指控的犯罪不能成立的无罪判决。”由此可见，我国的刑事判决只有两种：有罪判决和无罪判决。但《高法解释》第176条第6、7项分别规定：被告人因不满16周岁或者是精神病人,在不能辨认或者不能控制自己行为的时候，造成危害结果，不予刑事处罚的，应当判决宣告被告人不负刑事责任。这种规定实际上是在《中华人民共和国刑事诉讼法》第162条规定的有罪判决和无罪判决之外又增加一种“不负刑事责任的判决”的第三种判决形，也是对刑事诉讼法基本框架的突破。
