进一步的研究表明，反垄断法中的“效率”具有特定的含义，其追求的效率目标不是指个体的或集团的效率，而是指社会总体经济效率。在垄断企业内部由于规模效应、垄断价格的维持等因素的存在，个体或团体的经济效益在某一个时间段上是有效益的，但由于垄断破坏了市场经济自由竞争的格局，阻碍了其他企业的进入，也抑制了垄断企业和其他相关企业在垄断领域的进一步开发研究的动力，从而在整体上造成了社会效益下降。在这种情况下，为了总体效率，有时不得不牺牲某些市场主体的经济利益。当反垄断法以效率为由对垄断者进行种种限制乃至取消时，对垄断者来说法律没有将适用于所有竞争者的一般性法律原则适用于垄断者，轻而易举地取消了垄断者通过竞争获得的垄断地位和垄断利益，因而显得不公平。反垄断法在解决效率与公平的冲突时基于全社会的考虑，优先选择社会总体效率。当然这并不是完全否定公平原则，只是在效率与公平发生冲突时，在效率优先原则下应当尽可能地兼顾公平。[9]
当然并不是所有垄断状态都是不效益的，也不能简单的认为市场总是最有效益的，有时市场的交易代价是很高的。根据波斯那经济分析法学的观点，谈判是需要谈判着付出代价的一种行为，人们交易的过程越复杂，交易的费用也就越高，与建立在管理基础上的非交换性质的社会组织形式比较，市场也就愈加成为一种“费用昂贵”的结构了。于是，企业和政府经济部门出现了，他们是替代市场进行某些交易的机构。垄断是企业的最高形式，有节约交易费用、增加交易效益的一面。考虑到垄断的效益性的一面，反垄断法并不是反对所有的垄断（包括状态和行为），而有其特定的对象和范围，只是控制和反对那些实质性限制和损害且具有违法性的垄断状态和垄断行为，而对某些领域和行业的垄断赋予了法律的保护，知识产权垄断的保护就是一种典型的有利于提高社会效益目标的合法垄断。
（三）效率是知识产权保护和反垄断法的共同价值目标
“法律与其说是为了正义，不如说是为了效益。作为规范的法学，它的目的是追寻和预测法律规范和制度的效益，试图使立法者和法官知道怎样最适当地利用法律，以取得预期的效果，或向他们提出立法和审判案件的方案，以使立法和司法能促进效率。”[10]从前文的论述中我们可以看到不论是知识产权法在赋予垄断权和对垄断权进行内部限制的制度安排中，还是作为维护自由竞争的反垄断法在对垄断行为进行外部调整的规制中，两类分属不同法律部门的法律规范实现着一个共同的目标――效率性。
知识产权本身虽然具有某种垄断性，是一种法定的垄断权，但是“作为知识产权客体的智力成果，常常是初始权利人为竞争目的或在竞争过程中的创造。对这种成果的知识产权保护，可以是经营者能够实现根据法律将会赋予的独占程度，比较确定地预期其技术开发和创新投资的经济回报，从而鼓励其通过技术创新增强市场竞争力，更好的释放其竞争潜能。而每个企业的技术水平和竞争力的提高，也必将通过由此激化的竞争，推动整个国民经济素质和国际竞争力的提高。”[11]知识产权制度推行的垄断权与所有制度提供竞争经济的普遍基础一样，为创造了启动和维持研究开发竞争的一个条件，推动投资者追求和实现个人利益，同时在个人利益的社会积累基础之上，形成社会利益的整体提高和发展。而从前文对反垄断法的一般分析和效益分析的基础上可以看出，反垄断法正是以保护自由公平的竞争并以此来促进出行和推动社会整体经济效益的提高作为期要达到和实现的目标。一个有效的反垄断机制，可以通过减少市场的障碍来促进竞争，推动经济发展；而一个富有活力的竞争机制，又可以激发创新能力，进而推动技术创新，引发新一轮的经济发展。
