2．承认秘密侦查所获证据的合法性
长期以来，秘密侦查所取得的证据是不能使用的，不得已使用时，必须经过必要的转化。据笔者分析形成这种状况的原因，一是秘密侦查神秘化的思想观念根深蒂固，侦查机关或是将秘密侦查手段当作打击犯罪的“制胜法宝”秘而不宣，或是担心手段公开，反侦查能力相应提高，影响到秘密侦查手段的实效；二是由于我国侦查实践中“口供”取得限制机制较少，因此秘密侦查取得的成果或反映出的案情，大多可以通过讯问犯罪嫌疑人的方式重新确认、实现转化，而原有的秘密侦查的情况没有必要告知相对人。从这方面来看，实践中秘密侦查多作为犯罪线索、犯罪情报的来源，作为指导侦查方向的参考，或是作为讯问犯罪嫌疑人的“底牌”，准备用作的证据的秘密侦查行为少之又少。
秘密侦查为现代社会控制特殊类型犯罪的一种“必要的恶”，在有效实体限制与程序控制之下，通过秘密侦查行为取得的证据应当允许作为证据使用，没有必要再历经复杂的“转化”过程，这将有助于侦查机关犯罪控制能力的提高与纠正侦查活动过度依赖口供的定势。
3．限定适用对象与范围
面对秘密侦查对现代刑事司法制度与公民权利保障所可能带来的巨大威胁，秘密侦查手段的使用应当有所节制。其适用对象可以考虑从两方面予以限定：从犯罪种类来看，主要适用于无被害人型犯罪、反侦查能力突出的犯罪种类，如毒品犯罪、有组织犯罪、黑社会犯罪、恐怖犯罪；从犯罪严重程度来看，法定刑为十年以上有期徒刑、无期徒刑、死刑的犯罪案件，即使不属于毒品犯罪、有组织犯罪、黑社会犯罪、恐怖犯罪等特殊类型的犯罪，而仅仅是常规犯罪种类也可适用秘密侦查手段，如严重的暴力犯罪、危害国家安全的犯罪。
在秘密侦查手段体系构成中，不同的侦查手段侵害法益的严重程度各不相同，如监听与跟踪对侦查对象隐私权的侵犯程度是有明显区别的。各种秘密侦查手段法益限制程度存在高低之分，也就要求针对犯罪的严重程度不同，各自的适用范围应当有所区别。就适用范围而言，也可以考虑设置一定范围为绝对禁止秘密侵犯的领域，如公民住宅、享有职业特权保护的律师事务所等，这些范围内的信息或者说隐私是维系整个社会健康良性运转的基石，即使以追究重大犯罪为名，也不得侵犯。
4．秘密侦查的监管与侵权救济
对秘密侦查行为进行监管与救济的前提是必须全程、如实记录秘密侦查的使用过程，秘密侦查行为应当记入笔录，等待检察官、法官与相对人的检验、质疑，即使是保密之需、维护公共利益之名，秘密侦查行为至少需要单独订卷，单独移送给检察官、法官事后审查，同时有必要保障辩方律师的知悉、阅览的权利。[27]在秘密侦查完成后的一定时间内，当需要使用秘密侦查所取得的证据时，应将秘密侦查的进行情况告知相对人，同时取得的相关资料与追诉程序无关时，应当销毁。对于侵害法益严重的秘密侦查手段，如监听、诱惑侦查也可以考虑设置事先审查的令状机制。
同时可以考虑参考国外的规定，令作为秘密侦查的执行机关的公安机关定期向人民代表大会相应工作机构报告秘密侦查使用情况，使得国家权力机关与社会公众能够有渠道对秘密侦查行为进行总体上的外部控制。秘密侦查严重侵犯公民隐私权时对公民的赔偿问题，也应纳入到国家赔偿法的范围当中，确定隐私权的侵犯属于国家侵权的一种，赋予被侵权人申请赔偿的途径。
