“前嫌疑”阶段或者说“前置侦查”阶段的出现，体现了伴随着犯罪侦破难度的加大，各国侦查实践向前延伸，以更加有效、更早地遏制、侦破犯罪的一种努力。主动型侦查的使用在控制犯罪的同时，也不可避免地给传统刑事程序划分、理念带来一定的冲击。传统刑事程序的进行要求具备一定的犯罪嫌疑作为启动门槛，以限制侦查机关轻易发动无谓的、草率的侦查，防范对公民人权的恣意侵犯。但主动型侦查行为的采用恰恰越过了这一启动门槛的限制，在没有犯罪嫌疑或者犯罪没有发生之前，就可以采用监听、卧底、诱惑侦查等侵犯公民权利的侦查手段，而且主动侦查行为往往还具有“撒网打鱼”的特点，侵犯权利的对象往往并不固定，可以说侵权的范围更加广泛。在传统程序控权机制难以生效的情形下，对如此广泛、剧烈的侵权风险如何加以防范，成为了人们关注的焦点所在，这也是主动型侦查活动给刑事司法制度带来的一大挑战。
（二）秘密侦查对公正审判权的威胁
公正审判权（Right to a fair trial），又称之为公正审判原则，是对《公民权利与政治权利国际公约》第十四条所列举的各项程序性权利的集中概括。[6]其中反对强迫自证其罪特权、辩护权、质询反对自己证人的权利均为公正审判权的构成要素。而这三项权利的保护，在秘密侦查的实施过程中受到了明显的威胁。
就反对强迫自证其罪特权而言，秘密侦查使用的过程中，特别是卧底类侦查手段的使用，经常会得到侦查对象对犯罪行为的坦白，理由很简单，侦查对象很多不会对警察讲的话，往往会对卧底者或者卧底警探讲，卧底者或者卧底警探也会诱使侦查对象讲出犯罪的实情。[7]这种卧底侦查行为是否侵犯了侦查对象的反对强迫自证其罪的特权？到目前为止，欧洲有关国家的法院均认为该种情形下，此秘密侦查方法并没有侵犯反对强迫自证其罪的特权，主要理由是该特权仅仅对犯罪嫌疑人、被告人适用，在主动型侦查程序中，侦查对象不享有此项特权的保护；即使是在回应型侦查的过程中，侦查对象如果对卧底警探讲述了犯罪过程，也不能认为存在着强制，因为侦查对象在能够预见到谈话对象可能为卧底时，仍然自愿地讲述了自我归罪的内容，尽管其中存在欺骗，也不能认定其中具有强制。[8]可见，秘密侦查特别是主动型侦查所形成的“前嫌疑”阶段，侦查对象由于尚未具有犯罪嫌疑人的身份，就很难得到相应的程序保障，加之部分秘密侦查具有的欺骗性（Deceptive），诱发了侦查对象的“自愿”配合侦查、自证其罪，两方面的因素相加，反对强迫自证其罪特权对被追诉者的保障出现了“真空”。
就辩护权保障而言，秘密侦查带来的威胁更加明显。秘密侦查的采用严重限制了辩护律师的作用：在审前阶段，主动型侦查的采用使得大部分起诉所需的证据在逮捕之前，已经收集，逮捕之后方才介入程序的律师对此前发生的各项侦查行为、所获得证据一无所知；尽管在英美法系国家存在证据开示制度，但控方往往将秘密侦查的情况根据“公共利益豁免”的例外不予开示，在大陆法系国家，秘密侦查措施的采用往往也不归入卷宗，法官与辩方对秘密侦查的情况也无从得知。[9]辩方掌握的信息严重不足导致律师的作用大大受限，而且在主动型侦查进行的过程中，侦查对象在毫不知情的情形下，在不可能拥有律师帮助的孤立无援的状态中，自我辩护更加无从谈起。辩护权受限的另一体现是庭审时由于秘密侦查人员往往不出庭作证，质询证人权利不能有效行使，这一问题也涉及到质询不利于自己的证人的权利问题。
就质询反对自己证人的权利而言，侦查机关出于对秘密侦查行为的实施者、卧底者的保护，出于侦查策略的保密，往往不愿令其出庭接受辩方的质询。许多国家创设了若干替代性作证方式，如指挥秘密侦查的警察出庭代替秘密侦查实施者出庭作证、通过声音处理设施、法庭隔离装置作证、匿名作证等方式。欧洲法院曾就匿名作证问题作出裁决，认为对秘密侦查而言，只要能够保障辩方质询权的行使的机会，匿名证人不出庭作证也是可以接受的。[10]此外如果秘密侦查的结果并没有形成证据，而仅仅是获得了有关线索进而获得了可以公开使用的证据，控方就没有必要告知辩方、乃至法官该秘密侦查行为曾经存在，在这种情形下，辩方对该侦查行为的合法性根本无从质疑。[11]
