为了更有效地保护被告人的合法权益，防止撤诉权的滥用，我国立法应当明确规定：撤诉与不起诉具有同等法律效力。检察机关提请撤回起诉，法院作出准予撤诉的裁定后，对于在押的被告人应当立即释放；对于被告人采取强制措施的，应当立即解除；对于扣押、冻结被告人财物的，应当解除扣押、冻结。撤诉后，检察机关不需再制作不起诉决定书。
《规则》第353条关于撤回起诉后，有新的事实或者新的证据可以再行起诉的规定有一定合理性，但《规则》将“新的事实或者新的证据”作为再行起诉的条件，显然限制条件过低，导致撤诉实践中再行起诉比较普遍，不利于保护被告人的权益。鉴于此，立法中应当提高再行起诉的条件，将“发现新的重要事实或重要证据”作为再行起诉的条件，从而保证再行起诉的慎重行使。“新的重要事实”是指足以影响定罪的新的案件事实；“新的重要证据”是指撤回起诉后收集、调取的足以证明原指控犯罪事实能够认定的证据，它既包括撤诉后新发现的重要证据，也包括新发现的事实的重要证据。
（四）强化审判机关的制约
法院应加强对检察机关撤诉的审查，对于尚未进入开庭审理程序的案件，检察检察机关撤诉的，应当裁定准许。对于已经进入庭审程序的案件，法院在收到公诉机关的撤诉决定书后，应当对撤诉意见在法定期限内进行审查。审查的主要内容包括：（1）撤诉的时间是否在合议庭或审判委员会作出决定之前；（2）撤诉的理由是否符合法律规定的范围。（3）撤诉的法律文书是否齐备，提起主体是否合法。（4）被告人、被害人对撤诉的意见等。人民法院应当在三天内审查完毕，如认为符合撤诉条件的，应当作出准许撤诉的裁定；如认为不符合撤诉条件的，应在规定的时间内作出不准许撤诉的裁定。
在诉讼过程中，法院拥有撤诉建议权是与其法律地位不相符的。目前司法实践中大部分案件仍是法院认为案件可能判决无罪并建议检察机关撤诉的。通常的做法是法院出具建议撤回起诉的函，检察机关复函同意撤回起诉，而法院一般不做出准许检察机关撤诉的裁定。这种做法，不仅违背立法精神，而且与现行的司法解释相矛盾，必须纠正。
（五）把撤回起诉纳入人民监督员监督案件范围
2010年最高人民检察院创设的人民监督员制度已经由试点转为全面、正式实行。实践表明，这是现行检察制度框架内的一项制度创新，是一项具有具体监督内容和刚性监督程序的外部监督机制。但根据最高人民检察院2003年9月2日《关于实行人民监督员制度的规定（试行）》和2006年2月《关于人民监督员监督“五种情形”的实施规则（试行）》规定，人民监督员监督的范围，一是“三类案件”监督，二是“五种情形”监督。上述人民监督员监督案件的范围过窄，应将撤诉案件纳入监督的范围。
