仲裁条款独立说之所以已成为现代国际商事仲裁制度的理论基石[4]和最重要的学说之一，是有其存在的理论根据的：

　　第一，从意思自治原则角度看，当事人于订立合同时约定将可能产生的任何与合同有关的争议或者因履行合同产生的争议提交仲裁解决，表明了他们不愿以其他方式解决其争议的真实意思。从仲裁条款与合同其他条款的性质区别可知，当事人订立仲裁条款之目的是为了将包括合同效力在内的争议交付仲裁解决，如果当事人的仲裁意思中含有排斥仲裁机构对合同效力争议进行审理的意思，当事人就必须明示。[5]因此，如果将仲裁条款的效力依附于主合同的效力，由于主合同无效或失效而必然导致仲裁条款无效，从而排除仲裁机构的管辖权，是违背当事人真意的，构成了对私法领域中的意思自治原则的否定。而仲裁条款独立说主张仲裁条款的效力不依赖于主合同，只要仲裁条款本身有效，仲裁机构即享有管辖权，如此充分尊重当事人将其争议提交仲裁的意愿，因而符合当事人意思自治这一私法领域中的最基本原则。

　　第二，从仲裁条款的作用看，仲裁条款作为主合同的一个组成部分，是以主合同不能履行或不能完全履行时的一种救济手段而存在的。因此，仲裁条款一方面因主合同而订立，并随主合同的完全履行而终止，另一方面它又具有特殊性和独立性，它不仅不因主合同发生争议或被确认无效而失去效力，相反正因此而得以实施，发挥其作为救济手段的作用。既然订立仲裁条款的唯一目的是为了使当事各方之间将来因合同发生的争议通过仲裁方式得以有效解决，而一个合同在被确认为无效之前，或者无过失方当事人已经放弃其他交易机会，或者该合同已开始履行，因而一旦发生争议，都必然伴随着赔偿或返还等问题发生，这就需要援引仲裁条款予以解决。因之，仲裁条款独立于主合同而存在是其作用的必然要求。

　　第三，从仲裁制度的价值看，仲裁较之于司法诉讼而言，具有迅速、灵活、节省时间等优点，从而具有降低交易成本的功能。如果商事交易中的一方当事人可以通过声称主合同无效因而合同中的仲裁条款无效，以此达到阻碍另一方当事人提起的仲裁程序，剥夺仲裁机构管辖权之目的，解除其参与仲裁的义务；或者如果仲裁条款的效力从属于主合同的效力，为解决主合同的争议，则首先必须求助于法院确认主合同的效力从而确认仲裁条款之效力，然后在此基础决定仲裁机构是否享有管辖权，那么就会导致争议难以解决，或者拖延争议解决时间，加大交易成本，使仲裁制度的快速、经济等优越性丧失殆尽。相反，实行仲裁条款独立性理论，使仲裁机构不必求助于司法程序的确认径直享有对争议案件的管辖权，使争议快捷地得到解决，从而使仲裁制度的快速、经济价值得到充分实现。

　　第四，从仲裁制度的基础看，有效的仲裁协议（包括仲裁条款）是整个仲裁制度的基石。如果主合同无效，尽管其中的仲裁条款本身依据法律是有效的，但仍被确定为无效，从而使仲裁机构丧失了管辖权基础，整个仲裁程序将因此而无法进行。根据各国的仲裁立法和有关的国际公约之规定，在当事人向法院申请执行仲裁裁决时，法院对裁决的实体事项不进行审查。合同效力的认定属于实体事项，因此法院也不应对仲裁庭关于合同效力的裁决进行审查。如果仲裁条款的效力依附于主合同效力的话，必然导致法院在审查是否应执行裁决时，首先去审查申请执行案所涉合同的效力，将此作为执行仲裁裁决的先决条件，如若经审查认为主合同有效，随之合同中的仲裁条款亦有效，在此基础上再考虑是否承认与执行的问题；如若主合同被仲裁庭裁定为无效，则其中的仲裁条款亦归于无效，仲裁裁决也就因此无效，仲裁裁决不能得到法院的承认与执行。如此，将仲裁庭的管辖权建立于合同本身的效力上，而合同的有效与否则必须依赖于法院的判断，这样就失去了仲裁存在的基础。反之，实行仲裁条款独立性理论，则使仲裁机构的管辖权基础易于确定，从而有利仲裁制度健康发展。