在肯定私人造法合法性的同时也必须注意，软件著作权许可合同在权利配置上的积极效果须以竞争性市场环境为基础。在竞争性市场中，由于其他竞争者的存在，权利人无法控制软件的定价权，因此价格与边际成本不会有太大的差距，允许权利人修正法定保护范围能够实现私人效益与社会效益的一致。一旦著作权人取得市场支配地位，就意味着竞争者被排除，对定价权的控制将使权利人主导的权利配置不再顾及社会效益，著作权许可合同即成为非法垄断的工具，从而损害使用者和社会公众的合法利益。与文学艺术作品相比较，功能性作品更易在市场中形成垄断，微软公司和苹果公司等软件提供商都曾经或正在因软件著作权许可合同中的相关条款在世界范围内遭受反垄断审查，反垄断法和权利滥用原则在著作权领域的首次适用也皆发生在与软件相关的案件上。[32]同时，相比著作权法和合同法在合法性限制上的模糊性，反垄断法已在这一问题上积累了相当的判例。概言之，反垄断法对软件著作权许可合同合法性的限制，旨在使权利人的私人造法在竞争性市场环境下发挥积极作用，并阻止权利人利用垄断地位滥用著作权许可。
反垄断法在软件著作权许可合同上的适用，与软件著作权市场的下述特点相关：（１）软件作为无体物，在创作上的固定成本较高而传播上的边际成本较低，一般只有实现规模化的许可才能让平均固定成本低于边际价格，使权利人因额外收益而获得创作的激励。（２）由于软件适用范围的扩大会带来网络效应，越多使用者加入，将使其他同类功能的软件被排斥出市场，因为优势地位的软件会形成一种标准，使用替代软件需要付出的适应成本就更大，出现强者更强，弱者更弱的市场状态，因此一旦软件著作权人获得市场支配地位，将使其拥有的软件成为相关市场中“关键设施”，其他权利人须通过具有市场支配地位的软件才能使自己的软件进入市场。[33]
关键设施条款是判例法的制度创新，旨在防止掌握关键设施的主体阻碍后来者进入该市场的自由。[34]该条款的适用须同时具备四个要件：（１）占有关键设施的主体具有垄断地位；（２）竞争者在实践和理论上皆无法复制该关键设施；（３）竞争者被拒绝利用该设施；（４）向竞争者提供该设施是可行的。[35]根据上述要件，对软件著作权许可合同是否具有合法性可从以下三个方面进行判定：（１）软件与关键设施的关联性。在软件产业中，平台软件是其他应用软件得以使用的前提，一旦平台软件的著作权人具备市场支配地位，将导致其他应用软件提供商的发行渠道受到限制，取得平台软件著作权人的许可将成为其他应用软件进入市场的唯一渠道。因此，判断软件是否属于关键设施，关键在于对该软件的占有是否使权利人具备阻止他人进入市场的能力。（２）其他软件提供商进入市场的可能性。平台软件著作权人取得市场支配地位，并不意味着其软件许可合同条款必然不合法。在具备垄断地位之外，许可合同条款必须是在其他竞争者无法开发或进入类似平台软件的前提下拒绝竞争者发行兼容性软件。不同平台软件提供商对开发兼容软件的许可程度也不同。在不具有垄断地位的情况下，权利人以著作权许可合同禁止其他软件兼容的条款乃是正常的竞争手段；一旦权利人具有垄断地位，禁止其他软件兼容则意味着禁止竞争者的进入，可视为阻碍市场竞争，著作权许可合同因而不具有效力。（３）其他软件提供商进入市场的可行性。可行性判断，旨在比较垄断与竞争的效益。与铁路、电话等领域类似，软件产业具有一定的自然垄断属性，即平均生产成本一般随生产规模的增加而下降。在此前提下，规模化与垄断之间的界限更为模糊，自然垄断带来的效率甚至可能高于竞争。例如，在即时通讯软件市场中，如果处于充分竞争的状态，无论是权利人还是使用者都无法获得福利，权利人一方因软件规模化程度不够而失去创作兼容软件的诱因，使用者一方则因选择该软件的其他主体数量不足而失去继续使用的诱因。有鉴于此，考察软件著作权许可合同条款的合法性，需要比较允许与禁止该条款的预期效益。如果引入竞争者反而导致效益减损，那么软件著作权人以许可合同维持其自然垄断地位则不应被视为非法。
