由上可见，立法者试图在最大限度上维持软件著作权许可合同的意思自治，允许权利人通过许可合同变更法定的权利客体和权利范围。对合法性的主要限制也意在保证各方意思表达的真实性，防止处于优势地位的权利人扭曲使用者的真实意思。然而，由于公共政策原则和禁止显失公平等原则过于模糊，导致上述界定标准在实践中难以操作，许多问题不得不以利益平衡等立法目标来进行解释。限制性条款的模糊性，说明法律对软件许可合同的合法性还没有一个准确的定位和结论，这也最终使得权利人和使用者都无法对合同的效力具有稳定的预期。为消除这种模糊性，必须将著作权许可合同的合法性问题放在软件产业的特殊商业模式和市场特征中分析，才能作出真正有利于软件产业发展的制度设计。
（二）软件著作权许可合同的制度功能和合法性基础
１。软件著作权许可合同的权利配置功能
软件著作权人通过许可合同构建软件的保护范围，乃是私人对法定权利的重新配置。权利配置旨在明确权利归属，使行为的收益和损害归于行为人承担。当权利客体价值增加时，通过权利配置可将客体利用的成本和收益“内部化”，激励权利人发挥权利客体的最大效用。在著作权领域，权利配置可分为初始分配和再分配。初始分配是以国家立法的形式将著作财产权赋予不同主体，再分配是权利人之间以自由协商的形式通过合同实现权利流转；初始分配属于法定的权利配置，再分配属于意定的权利配置。两者的目标皆在于通过降低交易成本实现权利客体效益的最大化。
从初始分配来看，法定著作财产权的优势在于以清晰的权利边界降低当事人的交易成本。著作财产权作为一种事前标准，以法律的形式公示权利范围，为各方提供了一个稳定的交易预期。[21]然而，法定著作财产权的效力优势，是以牺牲权利类型的丰富性为代价的。为将权利的界定和公示维持在一个公众能以较低成本理解、认识的程度上，法定权利只能以抽象化、标准化的方式存在，以保证交易的便捷。所谓抽象化，是指著作财产权的类型仅能涵盖作品最基本的利用方式，避免作品承载过多的财产权类型，保证使用者不会在权利内容的考量上耗费过多成本；所谓标准化，是指著作财产权的类型和内容不得随意创设，通过类型限制降低权利的公示成本。因此，著作财产权只能满足著作权市场的基本需要，而无法应对全部的交易情形。从再分配来看，软件著作权许可合同旨在弥补著作财产权标准化的局限。鉴于数字时代软件利用方式的多元性，传统著作财产权无法涵盖软件的特殊利用方式。著作权许可合同作为一种私人界定权利的手段，可根据具体情势的需要变更权利的初始配置，以发掘作品的最优利用方式。著作权许可合同的最大优势，在于其允许当事人基于特定交易目的和交易情势突破标准化的法定权利配置。这种私人权利配置方式乃是对法定权利界定和归属的“修正”，潜在的交易者因此须在软件权利类型的调查、评估和监督上增加额外的交易成本。申言之，从权利配置的角度看，软件著作权许可合同的本质是以私人主导权利配置的方式弥补法定权利在软件著作权市场中的不足，使交易主体根据具体情况有效调整权利安排。
２。软件著作权许可合同的合法性理论前提
软件著作权许可合同所实现的权利配置是否具有合法性，应看其是否使软件产生了比法定权利保护更高的效益。对著作权许可合同所创造效益的考察，不能仅参考其与著作权法的契合度，而应结合软件著作权市场中相关商业模式的交易成本。交易成本的变化关乎商业模式的创新，而商业模式中出现的新客体和利用方式，需要通过权利配置发挥效用。
从交易成本的角度出发，软件著作权许可合同的合法性可从以下两个方面得到证明。
（１）著作权许可合同与软件客体范围的界定。在权利客体界定问题上，软件著作权许可合同通过扩大客体范围来实现软件价值的内部化，激励权利人发挥软件的最大效用。传统“思想／表达二分法”的意义，旨在共享思想的前提下鼓励独创的表达创新，因此法律只禁止表达的简单重复。对功能性作品而言，经济效用的发挥需要保护客体的工具性特征，因此传统界定标准无法保护软件的价值来源，需通过著作权许可合同来完善软件客体的界定。权利人以合同条款禁止反向工程，与立法和司法的规定不符。在立法上，虽然以技术措施禁止接触软件的合法性已得到广泛承认，但以实现软件兼容为目的的反向工程，一般被认定为技术措施的例外。[22]在司法上，法院认为，如果根据作品的性质需要通过复制来理解作品蕴含的思想，那么这种复制应被视为合理使用。[23]然而，无论是合理使用抑或技术措施例外，都是纠正市场失灵的制度工具，只有在交易成本过高以致阻碍作品正常传播时才适用，因此其判定要素除作品的性质外，还包括使用目的和性质、使用比例、对作品价值和潜在市场的影响三个要件，这样才能正确发挥上述限制制度解决市场失灵的功能。法院为承担维持软件的法定客体判定标准，显然过于关注作品性质这一要件，却忽略了作品的使用目的和对潜在市场的影响。[24]功能性作品的特殊性以及合理使用原则的适用，造成权利人因无法区分使用者“借鉴行为”的合法性而承担额外的监管成本。法律对合法反向工程的模糊界定，其他软件提供商借此在开发环节上得以节省大量开发成本，并损害了原软件经济价值的实现。权利人不得不在技术措施上投入成本，以自力救济的方式阻止使用者任意获取涉及软件功能的信息，同时也抵消了权利人研发、升级软件的经济诱因。有鉴于此，与其让权利人为保护源代码与使用者在技术上比拼，不如直接通过制度保护来降低交易成本。允许权利人通过合同对反向工程加以“概括禁止”，可以有效降低权利人禁止反向工程所耗费的技术和监管成本，最大限度保护了软件的功能价值。软件著作权许可合同在软件客体范围上的突破，旨在解决“思想／表达二分法”在保护软件创意和架构时的困难。既然著作权法的目的是解决公共产品造成的市场失灵，那么软件著作权许可合同也应该被允许用来纠正因著作权法的滞后性带来的市场失灵。作为一种权利再分配的手段，著作权许可合同通过改变法定的客体界定标准，使因著作权法保护不力导致的外部性转化为权利人的收益，以此激励权利人实现软件经济价值的最大化。
