（二）协助调查取证的实质强化
协助调查取证的实质效力，其内部源自取证结果在不同法域的证据能力提升，其外部源自一套较为完备的配套运作体系和冲突解决规范。
1.建立于平等互惠基础上的证据制度妥协。客观而言，台湾地区刑事证据规则体系较之大陆地区更为精密和系统，同步于经济社会发展水平的证据理念也更为先进。然基于对另一法域司法制度、传统、权威的尊重，应在保持既有严格证据法则整体性的同时，对两岸刑事司法互助之调查取证采取适度放宽证据能力的让步。即依前文所述，大陆司法机关在协助调查取证的形式补强方面予以配合，台湾地区司法机关在证据准入的实质标准上提供便利。如台湾地区方面可采取“最高法院判例”之形式对传闻证据禁止之例外情形予以扩大解释，包括法官、检察官的大陆人员类推适用，“特信性文书”的容许度增加，等等。同时，对大陆检察官依司法属性和客观性义务介入调查取证的形式，以及公安机关依侦查主体属性调取客观物证、书证的形式予以充分信赖。就大陆方面而言，相关司法解释对台湾地区司法机关的协助调查可采信性问题尚无明确规定，亟需补充，但基于平等互惠原则，与台湾地区相关规定所体现出的司法信任度对等。
2.依《南京协议》之框架，由两岸司法主管部门协商确定细化的制度安排。一方面，两岸之间主管部门应当议定协助调查取证操作流程的衔接程序，应当明确两岸推动合作的效率原则和态度，明确以一定形式推动协助调查取证适格性的提升。同时，应就《南京协议》中已确定的与调查取证相关之保密原则、特定用途原则等明确标准和要求，防止出现“乘机行为”[7]等损害双方司法信赖之行为。另一方面，大陆的相关司法机关应当形成相互职能配合的运作机制，尤其公安机关与检察机关之间当以审前侦查程序为重点，协商明确如何实现高效率配合调查取证，防止协助事项重叠或延宕。
3.尽快完善大陆地区的证人保护制度及污点证人制度。此并非单纯基于两岸司法互助之所需，而系因应大陆证据制度体系完善的需要及当前跨境、跨国犯罪日趋增多、日益复杂化的需要。然由于缺乏整体性的证人保护制度，在请求协助证人出庭等问题上往往难以取得证人及被请求方的共识。同样，由于对污点证人制度作用认识不足，在涉及采拒证权、缄默权制度的境外或国外协助取证时，缺乏必要的协商空间，往往无功而返。
