（三）两岸刑事证据制度的差异导致协助调查取证的效力明显不足
刑事调查取证活动以取得可采信之证据为直接目的，然目前两岸刑事证据制度在证据能力标准上的差异，极易导致被请求方所协助调取的证据面临着无效的危险。《南京协议》第18条之规定，即“双方同意依本协议请求及协助提供之证据资料、司法文书及其它资料，不要求任何形式之证明”，仅系说明互助事项在格式要件上经过初步审核为“真”，互免认证，并未解决证据适格性的问题。[5]如，台湾地区刑事诉讼程序采严格的证据法则，加之视《南京协议》法律位阶同行政命令，在准许大陆协助调取证据资料作为适格证据方面尚未有妥善的法律管道。同时，由于台湾地区证据制度对司法警察取证的效力层次定位较低，而大陆地区侦查职权配置上绝大多数刑事案件由公安机关调查侦办，虽依《南京协议》第8条第2项规定：“受请求方在不违反已方规定前提下，应尽量依请求方要求之形式提供协助”，但仍然存在较大的做“无用功”的风险。就大陆方面而言，虽未采严格的证据法则，但依证据形式要件要求，对台湾地区方面协助调取的证据资料尤其是争议较大的言词证据，也大量存在着如何转化和采信的难题。笔者认为，协助调查取证的证据适格性障碍，系两岸刑事调查取证合作中的实质性问题，如不能有效协商变通解决，长期持续势将打击调查取证合作之动力，以致影响其它司法互助事项的顺利进展。
三、现有刑事调查取证联系程序之简化建议
在目前两岸司法互助联络人机制未作改变的情况下，有必要对司法互助请求的提出、执行过程、执行结果的反馈等办理程序进行梳理，按照办案规律，尽量简化联系程序，将时间和资源让位于两岸实质性的协助调查取证工作。
（一）对《南京协议》第13条应依便宜主义适用
