一、刑事调查取证合作的内容与价值取向
依《南京协议》第8条之规定，两岸在刑事调查取证方面的司法互助系指“双方同意依己方规定相互协助调查取证，包括取得证言及陈述；提供书证、物证及视听数据；确定关系人所在或确认其身份；勘验、鉴定、检查、访视、调查；搜索及扣押等。”[1]视该规定之调查取证内容，取其狭义理解，均以搜集呈堂证据及司法处理决定所需证据为限，包括审前调取的证据和庭审中法院依职权调取的证据，而不同于警政情报资讯交流等协助侦查活动。[2]因此，在两岸刑事调查取证合作上，应有其特定的价值取向：
（一）以有效维护各法域的法律秩序、保护公民基本权利为共同目标
刑事调查取证活动与刑事诉讼制度的根本目标一致。而无论处于哪个法域，无论哪种诉讼结构，其刑事诉讼制度的根本价值目标无非两点：惩罚犯罪和保障人权。{1}两岸的刑事司法互助缘自维护两岸民众福祉的根本利益，亦出于防止犯罪人利用法域差异逃避惩罚、破坏法律秩序的现实需要。两岸刑事调查取证之合作也应立足于该共同目标和需求，而无需附加“政治礼遇”等其它过多目的。虽然刑事诉讼制度中的意识形态要求浓厚，但司法互助之合意已形成，且有助于两岸民生现实需要的满足，则政治意识上的分歧搁置和态度适度缓和则有其必要。两岸各界都应以两岸同胞福祉为重，创造良好的舆论氛围，为两岸合作打击犯罪创造和谐积极的外部环境。
（二）以司法互助合意范围内的司法权相互平等、尊重和信任为合作基础
除了一般意义上不同法域的法律效力应当平等外，刑事调查取证活动系以取得可采信证据为直接目的，两岸之司法制度及法律规定不同，被请求方司法机关所为之调查取证行为应当得到请求方的充分信赖[3]，是为刑事调查取证合作之实践基础。同时，基于区际司法协助的灵活性，被请求方在不违背法域内强制性法律和确保人权不受侵犯的前提下，应当尽最大努力，以符合请求方可用之方式提供协助，以确保该证据在请求方可用且有效。[4]两岸不同法域的渊源统属大陆法系，均有采职权主义诉讼模式的体验和吸收改良当事人主义诉讼模式的探索，故更应有司法相互尊重和信赖的基础。
（三）以效率和效能为合作机制构建的基本原则
