2．管辖。商事纠纷特殊程序的管辖与普通诉讼程序管辖有所不同。首先，在地域管辖方面。以公司纠纷非讼事件为例，由于公司纠纷案件多与公司组织、行为有关，且特殊公司纠纷案件的处理一般要求较高的时效性，其管辖应以公司所在地为基础。公司所在地一般是公司的登记注册地，登记注册地与实际经营地不一致的，实际经营地法院也应有管辖权，因为公司纠纷非讼案件多需要及时迅速处理，实际经营地法院管辖更为方便有利。再如申请人民法院拍卖变卖抵押财产纠纷，因我国目前抵押财产多为不动产，而不动产与所在地的经济发展、环境、人口等因素确实有着密切联系。房地产异地变卖、拍卖，既不利于竞买人全面了解房地产的实际状况，也不利于吸引更多的人参加竞买，导致房地产的价值难以最大限度得到实现，同时也不利于房地产管理部门对房屋土地进行有效的监督管理。且抵押权实现纠纷案件的处理以程序简便为宗旨，其管辖也应以抵押财产所在地为基础。其次，在级别管辖方面。现行民事诉讼法规定适用特别程序的案件由基层人民法院管辖，这种级别管辖的规定不能应用到所有的特殊商事纠纷案件中。因部分特殊商事纠纷可能极为复杂，超出了基层法院的承受能力。因此，在商事纠纷特别程序制度的设计中，对于级别管辖应根据纠纷的不同种类确定。
3．当事人。根据非讼程序处理案件的特点，不要求当事人是存在民事争议或权益冲突的双方，因此不必一律称为原告与被告，可以根据案情称为申请人或申请人和被申请人，有时还可以包括利害关系人。法院在审理中认为需要通知利害关系人并听取其陈述的，应当依职权通知。申请人是否具备申请资格和条件应根据公司法、物权法、合同法等相关法律的规定进行审查。
4．审级。裁决非讼案件要求短时间和少花费，一般应实行一审终审，在裁决显属不当的情况下，法院可予以撤销或变更。但对于涉及到实体问题的案件，还应允许当事人申请复查一次。如对股东知情权实现纠纷、异议股东股权收购价格确认纠纷、公司会议召集纠纷以及申请拍卖抵押财产、建设工程等案件的裁判，则会涉及实体问题，应当允许申请人和被申请人申请复查一次，给予救济的机会。可具体规定适用特别程序审理的商事纠纷案件是否可以申请复查、申请的程序、受理机关、审限以及申请复查期间是否停止裁判的执行。
5．裁判的形式与效力。特别程序审理的商事纠纷案件一般应适用裁定的形式作出裁判，如发现裁定不当，可以及时依申请或依职权予以变更或撤销。在国外的民事诉讼法中，民事判决多适用于诉讼程序，而非讼程序多适用裁定，所以诉讼程序又被称为判决程序、非讼程序又被称为裁定程序。由于商事纠纷特殊程序中的法院裁决不是对实体权利义务的法律评价，可以随时因新的事实出现而变更，所以用裁定比较合适。
