其次是“原则”与“例外”的相对化。宪法第36条第1、2款属于“宗教自由条款”，第3、4款属于“宗教限制条款”。从宪法条文结构和宪法学理上均可以解释成中国宪法上的宗教条款“以自由为原则，以限制为例外”。然而，一方面，宪法文本本身并未明确这样的“原则”/“例外”关系，另一方面，国务院的《宗教事务条例》恰恰是“以限制为原则，以自由为例外”。这就不得不引发我们关于宪法上宗教条款之“原则”与“例外”具体内容的深刻质疑。形式化的回答可以是《条例》违反《宪法》，但我们显然不能忽略宪法本身规定不够清晰这一点。
再次是宪法上“宗教限制”条款本身的内容性缺陷。第3款规定国家保护义务针对“正常的宗教活动”。问题在于：宗教自由需要国家保护吗？保护义务是否可能被滥用来进行宗教压制？何谓“正常”？国家是否有能力以及有权对“宗教”之“正常”性进行认定？“保护”这一宪法用语本身代表了国家权力的主动性，“正常”这一宪法用语又代表了国家权力的选择性。概言之，宪法规定国家可以主动选择正常宗教予以保护。这样的规定本身就是对通行的政教分离原则的否定。笔者认为宗教在本质上属于社会自治的一部分，是自治事务，国家的保护义务还在宪法上否定了宗教的自治属性，使得宗教成为国家而非社会的一部分。第4款“外国势力”问题则比较复杂。“外国势力”不是法律概念，而是国际政治术语，用在宪法中不恰当，而且内涵不确定，外延过宽。宪法在这里宣扬的是一种宗教爱国主义，然而宗教爱国主义与宗教的普世认同之间存在冲突，本条款将宗教属性国家化了，确立的不是政教分离，而是将宗教作为“国界”内的事务，建构成世俗民族国家的一部分。上述两个条款（保护义务条款和国界条款）成为宗教立法的宪法根据，也成为现实中政教冲突的最高规范根源。
