内地的海洋环境标准目前比较稀缺。“国家海洋标准技术委员会力争在五年内完成制定１００项、修订５０项海洋标准任务，同时在完成海洋国家标准清理工作的基础上，全面完成现有海洋行业标准清理工作。重点是建立完善海洋资源节约与综合利用、海洋管理与执法、海洋高新技术、海洋减灾防灾与生态环境保护等几大领域急需的标准。”目前，主要的海洋环境保护标准有：海洋环境保护的各项要求和检测、分析、检验方法；海洋能源、资源、海水及苦咸水开发利用和有关资源节约综合利用的各项技术要求；海洋工程的规划、勘察、设计、施工、监理、验收、运行、维护、拆除、检验、检测等方面的质量、安全和环境保护要求；海洋仪器设备、海水及苦咸水利用设备的产品设计、生产、试验、测试、检验、包装、储存、运输、安装、使用和废旧处理的方法，及其过程中的安全、卫生要求；产品的品种、规格、质量、等级及其安全、卫生要求；海洋信息资料和档案有关技术要求和方法；海洋综合管理的要求和方法等。按照标准的级别和制定颁布机关，可以分为海洋环境保护国家标准、海洋环境保护行业标准、海洋环境保护地方标准和海洋环境保护企业标准。具体而言，比如在海上油田比较集中的区域，油田开发产生的污染是海水中油类含量增加的主要原因之一，界定油类污染的《海洋石油勘探开发污染物生物毒性分级》和《海洋石油勘探开发污染物生物毒性检验方法》等两项技术标准；界定海洋环境质量，与《海水水质标准》相配套的《海洋生物质量》、《海洋沉积物质量》等标准，作为强制性国家标准，构成海洋环境质量标准体系，为海洋污染的监控和防治提供科学依据。内地在海洋环境保护标准上存在的问题主要是标准稀缺，不能满足海洋环境保护需要，现有的标准需要清理、修订和完善，以满足日益增强的海洋环境保护要求。
香港在很多海洋环境保护标准上都处于领先地位。如前述陆源污染物的液态畜禽粪便，香港在《水污染管制条例》中明确规定，而内地虽然由国务院农业部颁布了《畜禽场环境质量标准》，但只简单地规定了畜禽场必要的空气、生态环境质量标准以及畜禽饮用水的水质标准。其中的生态环境质量标准中，与粪便处理有关的是粪便含水率和粪便清理，且清理方法只有干法和日清粪，并未涉及到液态粪便的处理，当然也缺乏处理标准，这是大陆对畜禽液态粪便的监管漏洞。可见，由于两地对畜禽粪便的处理方法不同，也就产生标准上的不同。
再如，为保护本港的海洋生态及海域的各种有益用途，香港特别行政区政府把全港分为十个水质管制区，每区皆有一套法定的水质指标。为达到这些指标，政府长期以来推行了多项污染缓解措施，藉以减少污染、改善水质，环境保护署亦实施了一项全面性的海水水质监测计划，以评估海洋环境状况，长期水质变化及水质指标的达标率。环境保护署每年按照所得的数据，评估主要水质指标（如溶解氧、氨氮、无机氮、大肠杆菌）的达标率。
下图是内地与香港的海水水质标准比较：
内地海水水质标准（节选）：
按照海域的不同使用功能和保护目标，海水水质分为四类：
第一类 适用于海洋渔业水域，海上自然保护区和珍稀濒危海洋生物保护区。
第二类 适用于水产养殖区，海水浴场，人体直接接触海水的海上运动或娱乐区，以及与人类食用直接有关的工业用水区。
