海洋环境监管是一项系统工程，需要各部门的协调配合。大陆的分散监管体制由于缺乏部门的环保意识和具体行动，出于部门利益考虑，执法时容易导致部门之间的互相干扰，并且需要其他部门具备相当的环保意识和行动，以配合海洋环境统一和持久的保护。比如，渤海环境污染源主要来自于陆源污染，而陆源污染主要来自于流域污染，以及流域周边的生活用水污染。这就需要海洋环境保护部门和水污染环保部门协调密切配合。香港各个政府部门每年都要发布本部门的环保报告，每年都有具体的实际环保行动，各部门虽然也是分段监管，但是出于本部门每年都要求的环保意识和环保报告，能够主动协调配合保护海洋环境。内地现在已经注意到部门之间的互相干扰，加强了部门之间的写作，如2008年7月29日，福建省海洋与渔业局与福建省环境保护局制订了《福建省海洋与渔业局福建省环境保护局建立协调工作机制的方案》，并下发给各市、县（区）海洋与渔业行政主管部门、环境保护行政主管部门。在全省沿海形成了海陆统筹、齐抓共管的工作合力，为加快推进海峡西岸两个先行区建设创造良好的环境、早日实现“碧海蓝天”打下基础。但总体上缺乏部门之间的协同机制，部门之间的协同需要进一步普及推广。
三、海洋环境监测体制和标准的比较
在海洋环境保护管理中，海洋环境监测具有技术监督地位，起着技术支撑作用。因此，海洋环境监测和标准也构成海洋环境保护法制的重要组成部分。海洋环境监测是制定和执行海洋环境保护法律法规的依据，是对陆源和海上建设项目进行环境影响评价、实施海域污染物总量控制、编制海洋功能区划、划定排污口、收取排污费、处理海洋污染事故，解决污染纠纷、为海洋环境行政部门正确执行法律提供技术依据。海洋环境监测从宏观上可分为两大类：第一类是趋势性监测，其又细分为环境质量监测和污染源监测；第二类是功能区监测，其又细分为生态监控监测、滨海旅游休闲区监测、海水浴场监测、赤潮监测、海洋保护区监测、增养殖区监测、涉海工程跟踪监测、污染事故监测等。
大陆的海洋环境监测由国家海洋行政主管部门按照国家环境监测、监视规范和标准，管理全国海洋环境的调查、监测、监视，制定具体的实施办法，会同有关部门组织全国海洋环境监测、监视网络，定期评价海洋环境质量，发布海洋巡航监视通报。依照《海洋环境保护法》规定行使海洋环境监督管理权的部门分别负责各自所辖水域的监测、监视。其他有关部门根据全国海洋环境监测网的分工，分别负责对入海河口、主要排污口的监测，如国家环境保护行政主管部门负责全国防治陆源污染物和海岸工程建设项目对海洋污染损害的环境保护工作，因此其负责对陆源污染物和海岸工程建设项目主要排污口的监测。国家海事行政主管部门负责所辖港区水域内非军事船舶和港区水域外非渔业、非军事船舶污染海洋环境的监督管理；国家渔业行政主管部门负责渔港水域内非军事船舶和渔港水域外渔业船舶污染海洋环境的监督管理，负责保护渔业水域生态环境工作；军队环境保护部门负责军事船舶污染海洋环境的监督管理及污染事故的调查处理。
香港海洋环境监测由环境保护署统一负责。定期监测本港约1,700平方千米海水水域的水质，其目的包括：显示水域内水质的健康状况；评估海水水质指标的达标率；反映海水水质的长期变化趋势；为制订污染管制策略提供依据。环境保护署的海水水质监测计划在本港海域、内湾及避风塘设有约90个水质采样站及60个海床沉积物采样站。显而易见，大陆由于各部门存在强烈的部门利益意识和手段，导致海洋环境监测机构重复设立，其弊端主要有三：一是监测信息不能共享，还需要上级政府部门协调提供，造成执法效率地下；其二，监测机构重复设立，造成高昂监测成本；其三，各部门监测手段和方法可能存在不同，造成监测信息和结果可能不一致，影响统一执法和行动。
