我国《仲裁法》第14条规定：仲裁委员会独立于行政机关，与行政机关没有隶属关系；仲裁委员会之间也没有隶属关系。但这一规定并未改变仲裁机构行政化的色彩，在在思想认识上还存在着若干误区。
首先，仲裁机构组织关系的行政化。《仲裁法》规定：仲裁委员会由市人民政府组织有关部门和商会统一组建。仲裁委员会的主任、副主任通常由政府或政府职能部门的主管委派或直接由行政人员兼任。许多仲裁委员会的管理人员尚未与行政机关脱钩，占用行政编制，一些地方政府将当地的仲裁委员会视为下属职能部门，以行政手段干预仲裁委员会的工作。
其次，仲裁机构设置的行政化。我国《仲裁法》第10条第1款规定：仲裁委员会可以在直辖市和省、自治区人民政府所在地的市设立，也可以根据需要在其他设区的市设立，不按行政区划层层设立。而实际情况是，我国目前已存在180余家仲裁机构，[15]多数设区的市设立了仲裁机构，一些仲裁机构无案可办，效率低下。
其三，仲裁收费管理上的行政化。如何认识仲裁机构所收取的费用，也涉及到对仲裁及仲裁机构性质的认识。在我国，目前对仲裁机构所普遍采取的仲裁收费管理体制，套用财政管理的模式，实行所谓收支两条线，将仲裁机构等同于行政机关，有的仲裁机构因收费不足等各种原因还享有国家的财政补贴，有的主管部门一概将仲裁机构视为国资部门。
第四，案件办理程序上的行政化。仲裁裁决书须加盖仲裁委员会印章，实际上以仲裁委员会作为仲裁的主体，与国际上通行的由仲裁员或仲裁庭作出裁决的作法存有差异。在仲裁裁决形成过程中，有的仲裁委员会所提示的问题并不单纯局限于裁决书形式，出现了所谓“内部仲裁员”的现象。
仲裁机构的行政化严重危害我国仲裁事业的健康发展，破坏了国家与市民社会二元结构，混淆了仲裁权与行政权的性质，使仲裁机构丧失其独立性、公正性，使人们对仲裁的独立性、公正性产生怀疑，不利于形成仲裁中心，不利于我国仲裁机构的国际化，危及我国仲裁机构的信誉。
