1．“监、企、社”三位合一，职能错位，影响职能实现
监狱的基本使命在于执行刑罚，通过教育与劳动对罪犯进行改造，使其顺利回归社会，以维护社会稳定与安全。监狱作为国家机器的一部分，肩负着改造罪犯的使命，监狱生产本质上只是改造罪犯的一种手段，而不是经营维持狱政建设与人员工资供给的经济行为。在目前“监、企、社”三位合一的定位下，监狱生产的经济意义被放在了至关重要的位置，而监狱执行刑罚、改造罪犯之基本职能却被架空，如此一来，监狱生产变成了纯粹的“为了生产而生产”，监狱存在的合理性与正当性必将丧失殆尽。
由于我国监狱生产的管理人员与刑罚执行人员队伍没有分离，人员配置互为消长，由于强调“生产第一”的管理思路，大部分的警力都用于监狱生产的管理，教育改造工作难免流于形式，改造质量受到极大影响。据统计，全国监狱干警占押犯总数的比例，仍按1981年“八劳”会议确定的，工业单位20％，农业单位16％，综合性单位18％的比例配备。随着市场竞争的加剧，各监狱都不得不把越来越多的警力，用于市场开拓、产品开发、售后服务、催款要帐等生产经营业务。农业单位还要动用大量警力办学校、医院等，使得一线实际管理、教育罪犯的警力，一般在8％以下，有的甚至在6％以下，而且他们还要承担着繁重的工、农业生产任务，实在无力实施各项教育改造工作。{3}没有足够的警力，理论上再完备的教育刑制度都会流于形式，形同虚设。
2．监狱劳动改造之异化
劳动，是改造罪犯的重要手段，这已为中外学者与制度设计者所认同。劳动，可以改造意识，矫正习惯，而且可以培养罪犯刑满释放后谋生的手段。然而，劳动并不是唯一的改造手段，而且，劳动必须有一定量的规定性，注重科学性与人道性，否则就会失去其积极意义而成为奴役罪犯的工具。
由于片面强调监狱生产的经济功能，追求监狱生产利润的最大化，以保证狱政正常运行与狱警收入的正常供给，监狱往往置罪犯合法权益于不顾，通过延长犯人的劳动时间、增大劳动强度等方式提高监狱生产的收入与利润。如此一来，罪犯通过劳动不仅无法得以改造，而且生活质量乃至身体健康都会受到不利的影响。
3．为求生产利润“妥协执法”
由于监狱经费的相当一部分和监狱办社会的全部经费，要靠监狱生产创造的利润来提供。所以。为了提高市场竞争能力和经济效益，．往往扬长避短。参照社会企业全员经营的理念，追求利润最大化，如利用押犯中的经济犯、职务犯、关系犯，在产品销售、优惠贷款取得、减免税费、优惠价原燃材料、动力供应等等方面为监狱企业谋取利益。这些犯人，要么判刑前在社会上担任一定领导职务，或掌握一定经济管理权力，要么亲戚朋友中有上述两类人员。而监狱对这些为监狱企业生产经营做出过“贡献”的犯人，往往采用减刑、假释、提高处遇等级（甚至成为“特殊犯人”）等给予奖励。这就形成了“妥协执法”现象。
