在第一个层面的关系中，需要研究的问题是，司法对政府行政权力评价的范围的界定。从趋势上看，随着行政法制化水平的提高，司法对政府行政行为的评价范围，亦即适用行政诉讼的范围将会逐步增加。特别是不少抽象行政行为应纳入到司法评价的范围，成为可诉诸行政诉讼的对象。这一问题表象上是行政诉讼的受案范围问题，但实质上涉及到司法的地位。因此，相关范围的界定、尤其是这一范围扩大的进程应从属于政治体制改革的进程以及政治建构合理化的要求。
司法与政府权力关系的第二个层面，亦即政府权力决定司法机构的物质资源供给。这是目前弊端较为集中的层面。形成这种格局的直接原因是“分灶吃饭”的财政体制，但深层看，在这种格局中仍带有“政审合一”的传统遗风。司法机构主观上不愿接受这一供给体制的原因在于：(1)地方政府的财政实力普遍不能满足司法机构物质资源的要求。即使在财政实力较强的地区，司法机构物质资源的供给也是在与其他行政机构的平衡中确定的。换句话说，对司法机构物质资源的供给缺少应有的特殊性考虑。(2)由于资源供给决定于地方财政收入的实际能力以及地方政府对司法机构的态度，因此，司法机构难以建立稳定的收入预期。(3)在“一府两院”的制度下，作为与政府地位平等的司法机构不愿在物质上受制于地方政府。当然，在此问题上，更主要的矛盾是，政府决定司法资源供给的合理性必须建立于对政府和司法的双重道德假设之上，亦即政府不因资源供给上的优势而谋求司法给予特殊保护，包括在行政诉讼中不谋求司法机构予以偏袒，并且不直接或间接干预司法审判；同时，司法亦不“为稻粮谋”而在处置涉及政府事务时失之公正，且能排拒政府的任何直接或间接的干预。显然，这两种道德假设无论在理论上和实践中都是难以成立的。
司法与政府权力关系的第三个层面在运作中的实际问题是，司法如何既能够配合地方政府有效地实施对本地的社会治理，同时又不至落入“地方保护主义”的俗套，从而丧失司法机构应有的公正性和独立性。实践上这种“度”是难以把握的。在此，所能够提出的建议是：在制度设计的取向上，应偏重于对司法独立性、统一性、规范性的考虑，在更高层面、更广阔的视野中认识和发挥司法对地方治理的作用。
4．司法机构之间的权力关系
中国现行司法机构之间的权力关系是根据“相互独立、互相制约、互相配合”这一富有理想化色彩的原则而设定和构造的。不仅如此，意识形态或主导政治理念还赋予每一司法机构某种特别的优势；同时，每一司法机构也在不断张扬和强调这种优势以谋求社会对自身的重视，特别是谋求在司法机构之间权力格局中的特殊地位。在此境况下，体现司法机构权力关系的具体制度，往往只是特定的意识形态或政治理念的一种演绎，而无论“独立”，还是“制约”，抑或“配合”，尤其是“独立”、“制约”以及“配合”三者之间的协调都未能很好地得到展示。在重新配置司法机构权力的过程中，需要讨论的问题是：对各司法机构而言，究竟是先从意识形态上给予其定性评价，明确其地位，并依此界定权力，拟定制度，还是根据司法技术的一般性规律或规则，从提高司法效能这一总体目标出发，界定各自的权力范围，设计相互间的权力关系?就一个学者的认识而言，无疑倾向于作后一种选择。
