无论是目前的学术界，还是在未来将要建立的司法鉴定制度，对于司法鉴定中的“司法”的定义有着一个共同之处，即都将“司法”定位在诉讼活动方面。[15]但是，在现行的司法鉴定体制中，上述26项规范中许多规范所强调的“司法”其实是在说明被给予行政许可权的组织所作出的鉴定结论是具有“司法”性质，即该司法鉴定结论拘束法院活动，构成司法判决的事实根据。[16]
由此可以看到在设定司法鉴定的行政许可时就面临两种不同的认识，一种是通过许可，使被许可的组织所作出的鉴定本身具有司法性质；另一种认识是被许可的组织所作出的鉴定是为诉讼(司法)活动服务的，其最终性质须要通过诉讼程序本身，如质证等之后由法官确认。通俗而言，前者的“司法”是“是司法”，后者“司法”是“为司法”。
因此，在司法鉴定体制改革的背景之下，今后设定司法鉴定行政许可究竟应该依据怎样的基准进行，其关键在于诉讼法律制度的改革和发展。
在诉讼法律制度中，经司法鉴定所得出的结论构成诸类证据的一种，如《民事诉讼法》第63条规定的证据种类中列有“鉴定结论”，《刑事诉讼法》第42条和《行政诉讼法》第31条也有完全一样的规定。并且，三部诉讼法同时都规定鉴定结论等证据必须查证属实才能作为认定事实的根据。因此，从诉讼法律制度的角度看，即使被许可的组织，其作出的司法鉴定也并不会理所当然具有司法的性质，其最终是否具有司法的性质，并非由行政许可制度决定，而是取决于诉讼程序的最终运行结果。
迄今为止的诉讼制度改革在相当大的程度上正在不断赋予诉讼程序以对抗性。如已经施行多年的《最高人民法院关于执行＜中华人民共和国行政诉讼法＞若干问题的解释》[17]的第31条第1款指出：“未经法庭质证的证据不能作为人民法院裁判的根据”，这多少也反映了制度改革和发展的趋向。
