当然，法定证据制度也有它致命的弱点，弱点之一是把被告人的口供作为证据之王，并造成司法实务中普遍的刑讯逼供。不过，这一缺点存在于刑事诉讼中，与民事证据制度无关；弱点之二是法定证据制度对证据证明力的规定过于刻板，它把证据的证明力分为完全的、二分之一、四分之一甚至八分之一，把法官通过心智评估证据的复杂工作简单化为按照法律规定加减证据的证明力；弱点之三是它过分注重证据及证明活动的一般情形而忽略了不同案件中千差万别的具体情形，忽略了个案证明中的特殊情形，并且用法律捆住法官的手脚，使法官无法根据个案证明活动的具体情况，合理地运用证据来认定案件事实。
自由心证是法官从本案的证据和证明活动的具体情况形成内心确信，然后根据这种内心确信去认定案件事实。自由心证证据制度的进步意义在于，它使法官摆脱了形式主义的束缚，使他们的主观能动性得以充分发挥，能够自主地运用和判断证据，并根据个案证明活动的具体情况和从证据材料中形成的内心确信，对案件事实做出符合客观实际的认定。尤其是当遇到特殊案情时，当证据出现例外情形时，自由心证可以防止适用法定证据出现的误判。自由心证证据制度在相当大的程度上是用法官的“良心”、“理性”来担保形成合理的内心确信的，因而资质优良的法官是其优越性得以发挥的前提条件。这一证据制度的缺陷在于，法官运用证据时较少受证据规则的约束，可以根据其内心确信对案件事实作出认定，容易在证明过程中渗入法官的个人感情等不合理因素，造成对事实的错误认定。此外，在证据相同的情况下，由资质不同的法官审理案件，也会出现裁判结果因人而异。
国民党政府时期以及现今台湾的民事诉讼法均规定了自由心证原则。关于自由心证的功过，我国台湾地区一些学者曾作过中肯的评价，他们认为：“自由心证之法则就理论而言，确定系优于法定证据主义之制度，但在法院实务上，由于法官个人审判独立，难免发生前后审之法官个人主观上所采重点之差异，而形成采证资料取舍不同，从而调查证据结果及判决结果胜败完全相反之现象。尤其在司法风纪无法受一般社会全部绝对信赖之??情形下，再优良之自由心证法则之运用，亦难免受一般社会人士无辜之误解与责备。民事诉讼之双方当事人，对于诉讼之求胜心切，有时难免不择手段，提出繁多之合法及不合法取得证据方法与证据资料，法官面对一大堆有待过滤取舍之证据，难免因个人主观重点之差异而各人所形成之心证结果不同。此种情形，尤其在事实真伪所占之盖然性比率各半时，法官之最后心证结果，无法担保确定符合客观之真实。败诉之当事人因心存不平，难免对法官个人为各种臆测。倘因诉讼事件复杂，法院调查证据不周全而发生更审多次，当事人之上诉结果或更审结果，时而败诉，时而胜诉，则当事人之臆测更多。总而言之，在一般人民对司法风纪末有绝对信赖之情形下，优良之自由心证原则，在另一角度而言，有时不如昔日所采用之法定证据主义。为避免当事人对法官个人为各种臆测，法定证据主义之功能，有无再行检讨余地，颇值深思”。[9]
