在EFTA国家与新加坡之间签订的协定里对最惠国待遇做出一定的限制性规定。其中第40条说：”如果缔约一方基于自由贸易协定、关税同盟以及类似的协定，在规定贸易事项的同时，规定了实质性的投资自由化，那么缔约一方在上述协定里给予任何其他国家的投资者及其投资的待遇，可以不给予缔约对方的投资者及其投资。但是，经缔约对方请求，缔约一方应当提供充分的谈判机会，与缔约对方商谈相关的优惠问题。“接着它在第41条从税收优惠的角度将最惠国待遇的适用范围予以限定。它说：第一，除本条另有规定外，本章的任何条款都不得视为在税收措施方面为缔约方创设了权利或施加了义务；第二，第40条应当适用于税收措施――在国民待遇原则的限制下，适用于直接税的征收；第三，如果缔约一方因避免双重征税协定给予任何其他国家的投资者及其投资以特殊的优惠，可以不给予缔约对方的投资者及其投资。”
自20世纪90年代初期以来，加拿大和美国之间缔结的协定遵循的惯例是：列举一些国家置于最惠国待遇例外的名单里或者对最惠国待遇以及其他待遇标准做出保留，以此作为“不一致的措施（non-conforming measures）”，附加于协定的独立附件当中。比如，美国和新加坡缔结的自由贸易协定第15条第12款规定：1. 本协定第15条第4款（国民待遇和最惠国待遇）并不适用于： （1）缔约方在附件8A里所列举的中央级别的政府、区域级别的政府以及地方政府在缔约之时已经实施的不一致的措施；（2）第（1）项所列不一致的措施的继续实施或立即更新；（3）第（1）项所列不一致的措施的变更――这种措施的变化不至于导致这些措施修改前后与第15条第4、8和9款的一致性；2.第15条第4款并不适用于与缔约一方在附件8B里列举的部门、分部门及其活动有关的任何措施；3.缔约之任何一方不得根据本协定生效之日起所采取的任何与附件8B适用范围相关的措施，要求缔约对方之投资者（基于其国籍）在该措施生效之日，出售或处分其现有的投资；4.第15条第4款并不适用于构成对第16.1.3条（一般条款）之义务的例外或者减损的措施； 5. 第15条第4款和第9款 并不适用于： （1）政府采购；（2） 缔约一方给予的补贴或者资助，其中包括政府支持的贷款、担保和保证。
《北美自由贸易协定》附件4特别列举了最惠国待遇的例外。也即缔约一方在此前缔结的乃至将来缔结的所有双边或多边的国际协定里承诺给予的待遇，在某些领域，可以不给予缔约对方的投资及其投资者。这些最惠国待遇例外显然适用于：（1）《北美自由贸易协定》生效之日前已经存在的国际协定；（2）在航空、渔业、海事、电信网络以及运输服务领域，自《北美自由贸易协定》生效或签署之日起缔结的国际协定；（3）某些国家措施或援助项目。《北美自由贸易协定》及其投资专章的适用范围也限制了在其它领域实施最惠国待遇义务，比如，包括税收[21]和金融服务[22]。这种保护性质的最惠国待遇例外条款同样体现于美国与智利、美国与新加坡之间签订的自由贸易协定以及美国最近与澳大利亚之间缔结的自由贸易协定。
美国和加拿大这两个国家对外签订的双边投资协定有些也含有最惠国待遇条款的限制性规定，把多边协定或谈判的成果所给予的优惠排除出最惠国待遇的适用范围。这类例外往往被称为“GATT例外”，首次出现于1990年美国与波兰之间缔结的双边投资协定（BIT）第12条第2款第 2项的规定。[23]另一个实例是加拿大与智利之间缔结的协定之第 G-8条规定，本协定投资专章的最惠国待遇条款“并不适用于任何构成对缔约一方根据TRIPS 协定承担的条约义务之例外或减损的措施”。
