贸易保护主义的理论有英国的托伦斯与密尔提出的互惠条件贸易理论。该理论认为，第一，在某些情况下，关税减让使国家的贸易条件恶化，反过来，征收关税将改善国家的贸易条件：第二，单独实行关税减让的国家将蒙受经济损失。该理论提出以后，英国经济学和统计学家艾基沃斯利用供应曲线对理论的第二部分加以证实时发现，当贸易的其他国家供应曲线不完全弹性时，贸易条件将由世界贸易市场来决定。这种情况下，最优关税可以改善关税国贸易条件，从而最大限度地增加关税国的国家福利。同时，最优关税下实现的国家福利增长完全基于其他国家的损失，并且其他国家损失会远远大于关税国家的福利增长。基于上述理论，这些经济学家和他们的支持者主张实行互惠贸易，而不是像亚当·斯密等经济学家主张的那样实行完全的自由贸易。
贸易保护主义最有生命力也得到最广泛支持的理论是所谓的幼稚工业保护理论。所谓幼稚工业，是指那些还不能在市场竞争中独自生存，但在适当的政策保护下，随着时间的推移，经验的积累，将最终能在市场竞争中立足的新兴产业。幼稚工业保护理论认为，一个国家在某种商品的工业生产上可能有潜在的相对优势，但由于缺乏专有技术，加上初期资金投入较少，使得相关产业无法得以建成。即使行业已成功新建，初期阶段，也还不能与发达国家成熟完善的工业竞争。为了使新兴制造业获得立足之地，政府应该暂时给予支持，直到它们足够强壮，形成比较优势，能够长期参与国际竞争为止。在过去的一个半世纪当中，幼稚工业理论对国际贸易政策产生了持久的影响。美国的汉密尔顿和德国的李斯特就积极主张实行这种贸易保护，而英国一些支持自由贸易理论的经济学家如密尔、托伦斯、马歇尔等则对此贸易政策的实施持谨慎的支持态度。
互惠条件贸易理论与幼稚工业保护理论被认为是具有“潜在正确性的贸易保护主义理论”。 [18]
除上述两种理论之外，在自由贸易的发展过程中还出现过许多后来被证实是错误的理论下产生出来的观点，如工资与就业以及振兴国内工业等观点。此外，一些贸易保护是基于非经济的观点如财政收入、国家安全、国家主权、以及文化的多元化等。这些理论和观点，无论对错，往往因为非经济因素，如政治、文化、社会等因素，而被当作贸易保护的基础。
3.国际贸易政策
基于贸易保护主义的理论和国家政治、文化的需要，各国采取各种贸易政策保护本国经济的发展。贸易保护政策的工具有关税、补贴和配额等。
经济学理论既然告诉人们，满足一定条件下的贸易自由化可以实现国家福利最大化，因此，研究满足这些条件的理论成为经济学的一个方向。而经济一体化理论为欧盟和北美自由贸易区等经济一体化形式提供了贸易政策依据。
进入20世纪80年代，世界上最穷与最富国家的差距越来越大。越来越多的经济学家认为，基于静态相对优势理论的国际贸易与欠发达国家的经济发展毫无关系。在国际贸易中，贸易使这些欠发达国家的贸易条件长期衰退，实际上阻碍了这些国家的经济发展。因此，这些经济学家主张通过进口替代（进口商品国产化）逐步实现国家工业化，真正提高国家的经济水平。基于上述观点，产生了发展中国家的进口替代政策。
标准的贸易理论将国际贸易定位为国家间的货物交换，而没有考虑到现实中公司之间存在的竞争关系。20世纪80年代早期，一些经济学认为，某些产业只有为数不多的几家企业参与有效竞争。由于参与竞争的企业数目少，在这些市场存在不完全竞争现象，给企业带来超额利润。因此，企业投资在这些行业，将会获得比在其他行业中更高的回报。在国际市场上不同国家的相同行业为争夺这些超额利润而展开竞争。在这种情况下，政府可能通过变更博弈规则将这些超额利润从国外企业转移到国内企业。也就是说，通过国家贸易政策扶持这些存在着超额利润的行业，以增强这些国内行业在国际市场的竞争能力。上述观点使得发达国家在国际贸易中采用所谓的战略性贸易政策--一种在寡头垄断市场上积极的贸易政策，以他国经济损失为代价在延伸的外部经济条件下增加国家财富。
（1）贸易保护政策工具
贸易保护政策的工具主要有：关税、补贴、进口配额、自愿出口限制、国产化程度要求、政府采购、繁琐的进出口程序、出口信贷补贴等。
（2）经济一体化贸易政策
经济一体化的贸易政策主要有：特惠贸易协定、自由贸易区、关税同盟、共同市场、以及经济同盟等。其中，特惠贸易协定是最松散形式。自由贸易区一体化形式表现在各成员之间相互解除所有贸易限制，但却各自对非成员国或地区保留自己的贸易限制条件，如北美自由贸易区。关税同盟在成员国之间消除所有的贸易限制，同时，同盟以一个整体对外统一实行关税或其它贸易限制。共同市场比关税同盟更进一步，允许参加国之间资本和劳动力的自由流动。经济同盟比共同市场又进一步，协调甚至统一成员国之间的货币和财政政策。这是经济一体化的最高形式。
最早系统论述关税同盟理论的是美国经济学家维纳和李普西。维纳于1950年提出对关税同盟的经济分析。在此之前，人们普遍认为任何使贸易更加自由的行为都能增加社会福利。而关税同盟代表了贸易向更加自由化方向的发展。然而，维纳从静态和动态效应两个方面对关税联盟进行了分析，认为关税同盟的建立既可能增加又可能减少同盟国和非同盟国的国家福利，而这取决于产生关税同盟的环境。维纳认为，下列条件下关税同盟更可能产生贸易创造，增加福利：（一）同盟国之间从前的贸易壁垒较高；（二）同盟国与非同盟国之间的贸易壁垒较低；（三）同盟国数量较多，规模较大；（四）同盟国间的经济竞争高于经济互补；（五）同盟国之间的地理位置较为靠近；（六）同盟国与潜在同盟成员国之间的贸易和经济交往较多。
