《WTO协定》第三条提出了WTO的五个职能：（1）执行协定；（2）提供谈判场所；（3）解决争端；（4）审议政策：（5）通过合适的途径同国际货币基金组织（IMF）及世界银行（World Bank）进行合作，以“实现全球经济决策的更大一致性”。
WTO的基本原则是：（1）非歧视原则。这是GATT的基石之一。它包括两个方面的内容：最惠国待遇原则和国民待遇原则；（2）互惠原则；（3）市场准入原则；（4）公平竞争原则。
WTO的结构包括组织结构和法律结构。这些结构为WTO的运行提供了法律基础和组织保障。根据《WTO协定》，WTO建立了相应的组织结构。WTO的各项职能都是由其各类组织的机构实现的。这些组织机构的设置和运作，对于WTO宗旨的实现和充分、有效履行WTO的职能，具有非常重要的意义。WTO的机构主要有：部长级会议、总理事会、委员会、总干事和秘书处等。
部长级会议是WTO的最高决策机构。根据《WTO协定》第四条的规定，WTO部长级会议应当包括所有成员代表，每两年召开一次会议。部长级会议全权履行WTO职能，并可以为此采取任何必要的行动。从某种意义上讲，WTO部长级会议就是WTO的立法机构。
总理事会是WTO的常设机构和执行机关，根据《WTO协定》第四条和第五条的规定设立，成员包括所有成员代表。总理事会在适当的时候召开会议，通常每年召开六次左右。会议代表绝大多数是各成员在日内瓦永久性代表团的人员。总理事会负责WTO的日常事务，在两次部长级会议期间，执行部长级会议各项职能，监督和指导WTO所有方面的工作，并处理WTO的重要紧急事务。
总理事会还有两项特定任务，召集争端解决机构和贸易政策评审机构会议。这两个机构分别负责WTO的争端解决和贸易政策审议，为此而召开的会议比其他机构要多。目前争端解决机构的会议大约每月举行一次，而贸易政策评审机构的会议甚至更加频繁。
为充分、有效地履行职责，总理事会下设三类分支机构。第一类分支机构负责WTO的主要部分的运作，分为三个理事会，监督所有成员方在货物贸易、服务贸易和与贸易有关的知识产权方面的有关承诺，即货物贸易理事会、服务贸易理事会以及与贸易有关的知识产权理事会。第二类分支机构为负责处理WTO一些跨部门有关功能的委员会，如贸易与环境委员会、区域贸易协定委员会等。第三类分支机构囊括诸边贸易协定下建立的有关机构，如政府采购委员会等。这些机构只对签署诸边贸易协定的成员有约束力。
委员会是直接向总理事会负责的永久性委员会。它们是由《WTO协定》规定成立的。它们负责履行《WTO协定》和多边贸易协定赋予的各项职能。贸易和发展委员会定期评审有关最不发达国家成员的特别优惠规定的执行情况，并为此成立了一个下属机构 [9]。上述委员会只有贸易与发展委员会的成员接近WTO成员数，但这些永久性委员会对所有WTO成员开放，其委员从所有成员代表中产生。在必要情况下，为履行某些职能可以设立其他委员会。
《WTO协定》第四条并没有列举WTO的所有组织机构。货物贸易理事会、服务贸易理事会和与贸易有关的知识产权理事会都得到授权成立它们各自的下属机构。
《WTO协定》第六条规定在WTO设立永久性的工作组织。和原GATT一样，这个组织为总干事领导下的秘书处。与GATT不同的是，《WTO协定》规定了组织成员的任命和职责。总干事由部长级会议任命 [10]。之后，总干事跟据部长级会议有关决定任命工作人员，并制定工作人员的职责和服务范围 [11]。总干事和秘书处的工作人员都以传统的国际公务员身份开展工作，不服从“除WTO之外的任何政府或任何其他机构”的命令 [12]。WTO秘书处的主要工作人员是前关贸总协定秘书处成员。此外，秘书处根据工作需要还录用了其他一些工作人员。工作人员的这种调整也是《WTO协定》授权的。 [13]
《WTO协定》要求建立专门的贸易政策审议机构，负责对各成员方的贸易政策进行审议。它并非WTO的单独机构。它的人员为总理事会的人员。当总理事会行使贸易政策审议职能时，实际上就在行使贸易政策审议机构的功能。该委员会可设立自己的委员会主席，并制定履行职责所需的程序规则。所有WTO成员的贸易政策和政策实施都要接受该委员会的定期审查。被审查的WTO成员若为几个国家联合形成的经济实体，则要对该经济实体及其实体各成员的贸易政策同时进行综合评审。审查范围不限于单纯外贸立法和实施，凡是影响贸易的经济措施都可能是被审议的对象。贸易政策审议的周期，取决于各成员方在世界贸易中所占份额的大小。
WTO的法律结构是在GATT基础上，历经多次磋商谈判，修改、增补协定、协定，特别是在乌拉圭回合所达成的一揽子协定基础上形成的。它集中体现在《乌拉圭回合多边贸易谈判最后文本》 [14]中。“最后文本”由《WTO协定》统领，将乌拉圭回合所达成的各项独立协定均作为其附件，形成一个完整的法律体系。具体而言，《WTO协定》包括四个附件：附件1：包括：《货物贸易多边协定》（附件1A）、《服务贸易总协定》（附件1B）、《与贸易有关的知识产权协定》（附件1C）；附件2：《关于争端解决规则和程序的谅解》；附件3：《贸易政策审议机制》；附件4：《诸边贸易协定》，包括《政府采购协定》、《民用航空器贸易协定》、《国际奶制品协定》（1997年12月31日终止）和《国际牛肉协定》。（1997年12月31日终止）。
