更值得注意的是，1996年刑诉法的修改、学习宣传及贯彻实施，极大地推动了中国刑事司法观念的变革。无论是普通民众，还是执法、司法工作人员，都认识到保护公民权利是新法律所确认的重要价值取向。打击犯罪与保护人权并重，实体法的贯彻与程序法的遵守并重，这样一些现代的司法观念已经被最高司法机关所认可并成为其工作要求。在人权保护方面具有重要意义的“正当程序”，或者说“程序的正当化”观念已经被中国刑诉法学界普遍接受，并被司法人员认可。这种观念性变化，是中国刑事诉讼制度进一步变革的最重要的资源条件。
但在另一方面，由于制度进步是一个整体性问题，即一项制度必须有其存在与运行的基础和条件，同时必须有相关配套制度的支持，因此不能否认中国刑事诉讼制度近年来的改革是十分有限的，在各方面条件的制约之下，仍然存在一系列矛盾和问题。以下从不同层面和方面作一分析。
其一，基础条件与基本结构层面的改革不容乐观。虽然刑事司法的结构有了一定的调整，法院的作用，包括对刑事程序的影响能力以及对刑事问题的最终决定功能有所强化，但由于“司法一体化”的基本体制构造，强大的警察职能（而非司法职能）的制度性存在，以及公检法分工负责、互相配合、互相制约原则的贯彻，刑事司法的基本构架未变，司法机关独立行使职权以及法院的中立性未能有效保障，因而对体制性变革以及相应的程序改造形成一定障碍。例如，由于对侦查机关的信任以及公检法“分工负责”的体制，至今刑事诉讼中侦查行为是不可诉的。即对国家机构强制权力的运用造成的损害，公民虽然可以申请赔偿，但不能用诉讼程序解决，仍使其权利救济不足。与之相关的，对强制侦查的司法审查程序至今未能建立，绝大部分强制侦查行为由侦查机关自行决定并实施，这种在资产阶级革命初期即已解决的人权保障制度问题目前我们尚未解决。可以说，我国刑事司法的传统结构，并未得到具有根本意义的现代化改造。
其二，传统的侦查构造基本未动。我国传统的侦查模式，即由侦查机关垄断侦查程序，缺乏对抗因素，缺乏司法制约的情况未发生根本变化，使得具有对抗制特点的审判模式与审前程序的职权主义甚至超职权主义存在明显冲突。即审判程序要求控辩双方平等举证辩论，但为庭审举证提供证据条件的调查程序，则只允许国家侦查机关介入，律师只能在公安机关侦查终结移送起诉后进行一定的证据调查，在延续几个月甚至一年以上时间的侦查阶段，律师被禁止调查。这种状况严重妨碍了诉讼对抗的展开。同时，侦查活动本应具有的律师监督缺位，如讯问嫌疑人、被告人时律师没有在场权（而律师会见嫌疑人时侦查人员可以在场），使讯问活动成为一种所谓的“密室审讯”。而且如前指出，对强制侦查的司法审查原则以及司法救济原则迄今未能贯彻，在这个问题上，我们的做法严重落后于国际刑事司法准则的要求以及刑事司法制度的现代发展。
