针对上述现状与弊端，笔者认为应从以下几个方面完善我国的知识产权利益平衡机制：
一是基于本国的国情，在WTO与TRIPS的框架内，制定和修订知识产权自身体系内的相关规定与制度，从而能从体系内部实现权利平衡。一方面，在知识产权保护与本国利益发生冲突时，世界上大多数国家都会选择削弱对知识产权的保护来维护本国的利益。即使是经常
以301条款的大棒威胁发展中国家的美国，也在9.11事件后，以国内发现碳疽热的紧急状态为名，要求德国拜尔公司取消Capro抗生素在美国的专利权，通过购买普通复制品的方式，迫使拜尔公司低价向美国销售1亿粒药片。因此，我国对知识产权的国际保护水平不宜过高，
在法律、法规的制定上只要达到国际公约规定的最低标准就可以了。通过合理使用与强制许可等主要限制方式，防止知识产权人通过滥用权利或实施垄断、限制贸易与投资。
另一方面，对具有民族特色的、可以拥有自主知识产权的权利应给予特别重点保护。这不仅是“十一五纲要”的要求，也有其它国家的经验可以借鉴。例如，印度注意充分挖掘其民族文化资源，对着作权给予强有力的保护。香港对其本港商标权的强有力保护甚至超过了英国本土所能给予的。当然在对拥有自主知识产权实行重点保护时，也要注意防止权利的滥用与垄断，以免造成利益失衡。
二是通过制定《反垄断法》及通过严格有关司法实践和行政执法的方式，实现对知识产权权利的限制与利益平衡。我国目前尚无一部专门的反垄断法典，现行的反垄断规范分散于《反不正当竞争法》、合同法以及专利法的有关条款中。所以笔者认为在反垄断法尚不能出台前，应赋予法官一定的自由裁量权，限制、禁止权利滥用的规定，保护公共利益不受侵害。同时，应加快对反垄断法的立法工作。明确将知识产权领域的反垄断纳入立法宗旨，既要把行使知识产权的正当行为作为反垄断法的例外，以鼓励自主创新，又要对与知识产权有关的非法垄断加以必要的规制。
