另一方面，本应对资本多数决起到一定制衡作用的基本投票权制度也因为种种原因而难担其责。《基金协定》第12条第5款规定，每个成员国享有250票的基本投票权。基本投票权是一国一票原则的体现，也是对资本多数决的一种制衡，对于份额不足的发展中国家具有一定意义。对此基金组织法律专家约瑟夫·戈尔德指出：“基本的原则是投票权与缴款成比例，但除此之外每一会员国还得到数额相等的基本票……设此基本票的目的，一是为了对传统的国家平等原则表示尊重，二是为了避免与私人商业公司过于相似，三是为了避免过度集权即投票权过分集中于一两个会员国手里”。[14]然而，两方面的情况发展使得基本投票权可能的制衡作用难以发挥。首先，随着基金组织多次普遍增资（增加份额），基本投票权在总投票权中的比重被日益稀释，从基金组织成立之初的11.3％下降到晚近的2.1%，[15]从在总投票权中勉强有一席之地变得几乎无足轻重。其次，美欧等国借对《基金协定》进行修订之机，增多需要特别多数票方能通过的事项。据统计，基金组织成立之初，规定需经特别多数通过方能做出决策的条款有9项，1968年《基金协定》第一次修订后增加到18项，1976年第二次修订后更是增加到39项。[16]这变相降低了基本投票权的作用，使得发展中国家的实际发言权相对下降。
（二）治理结构问题
从广义上说，与基金组织内部权力配置和决策机制有关的问题均属治理问题，其中也包括份额与投票权分配在内。从狭义上说，治理问题则更多的是指治理结构问题，即成员国实际行使投票权的机构框架，包括但不限于理事会、执董会和管理层的构成、选任、角色和职责。
基金组织的治理结构包括理事会、执董会和管理层三层架构。理事会是基金组织的最高决策机构，由每个成员国各指派一名理事和一名副理事组成，理事通常由成员国的财政部长或中央银行行长出任。执董会由理事会选举产生，负责处理基金组织的日常业务，并为此行使理事会委托的一切权力。执董会选举总裁一人，作为执董会主席和基金组织工作人员的首脑，在执董会指示下处理基金组织日常业务，并在执董会总的监督下负责基金组织管理层和工作人员的组织、任命和辞退。
根据《基金协定》第12条第2款，《基金协定》下的一切权力，凡未直接授予理事会、执董会或总裁的，均归属于理事会，但除《基金协定》直接授予理事会的权力之外，理事会可将其权力委托给执董会行使。实践中，理事会已将大部分权力委托给执董会行使，只保留了批准份额增加、分配特别提款权、接纳新成员、要求成员国退出以及修订《基金协定》及其细则的权力。17 基金组织执董会由24名执行董事（以下简称“执董”）组成，18 根据《基金协定》第12条第3款，其中5名由份额最多的五个成员国（目前是美国、日本、德国、法国和英国）直接指派，其余19名则由成员国选举产生。每名执董可指定一名副执董，在前者缺席时全权行使其职权；在执董出席时副执董可以参加会议，但不得投票。实践中执董会的决策一般基于协商一致原则，偶尔采取正式投票方式。
执董选举是由成员国基于地理位置和自愿原则，划分为19个选区，各选出一名执董。每个选区内的国家数目不同，所选出的执董所代表的投票权占总投票权的比重也从1.56%到4.92%不等。[19]由于基金组织并不硬性规定成员国属于某选区，因此特定成员国同某一地区之间的关系紧密程度对其自愿加入该选区起着决定性作用。例如，西班牙就属于拉美选区而非欧洲选区，以色列也与部分东欧和前苏联国家而非中东阿拉伯国家同属一个选区。[20]此外，鉴于中国、俄罗斯和沙特阿拉伯拥有较多份额以及特殊的经济地位和地理位置，目前基金组织允许这三个国家作为单独选区各推选一名执董。
同份额与投票权分配机制一样，执董会存在的主要问题在于发达国家和发展中国家之间力量对比失衡。在19名选举产生的执董中，5名来自欧洲发达国家（分别是比利时、荷兰、意大利、丹麦和瑞士），2名来自加拿大和澳大利亚，2名来自石油输出国（沙特阿拉伯和伊朗），其余10名来自新兴市场和发展中国家（分别是中国、巴西、印度、俄罗斯、泰国、埃及、智利、阿根廷、莱索托和多哥）。[21]加上全部来自发达国家的5名被指派执董，表面上发达国家与发展中国家似乎平分秋色，但仔细分析之下却会发现并非如此。首先，欧洲发达国家拥有8名执董，占执董总数的三分之一，与其在世界经济中的实际地位并不相称。其次，执董会的表决机制并非一人一票，而是基于执董所代表的成员国的投票权数，投票权数越多则发言权越大；即使是采取协商一致方式，拥有更多执董数和投票权的欧美发达国家在协商过程中显然也处于更为强势的地位。
