廉政公署除廉政专员办公室外，设有一个行政总部和执行处、防止贪污处和社区关系处三个业务部门，分别负责有关工作。截至2006年年底，廉政公署编制1343个职位，职员1314名，其中执行处约有1000多人，其他两处各100多人，大部分以合约形式受聘，逾半数职员已在公署服务超过10年。
执行处是廉署最大的一个部门，由执行处首长领导，下设两个主要部门，各由一名执行处处长领导，每部门又辖二个调查科，每个调查科由一名助理处长管理，分别负责调查政府部门及私营机构的贪污罪行。除上述四组外，执行处还设有技术支援部，由一名技术顾问带领，负责技术支援、电讯、研究及发展工作。
执行处负责调查工作，其首长身兼副廉政专员之职。其主要职权有：（1）调查权。该处负责接受、审阅有关触犯《防止贿赂条例》、《廉政公署条例》和《选举（舞弊及非法行为）条例》的投诉；调查任何涉嫌触犯上述条例的罪行。此外，若有公职人员的行为与贪污有关或可能引致贪污，该处亦须依法调查，并向行政长官作出报告。廉署有权要求涉嫌贪污的公务人员说明合法收入以外财产的来源，对不能作出圆满解释的，即认定为非法收入。执行处的所有调查工作均绝对保密，《防止贿赂条例》规定任何人不得直接或间接通知受疑人，从而让他知道正被调查，否则要负法律责任。（2）强制权。凡获得廉署专员授权的廉署人员，可无需拘捕令而拘捕涉嫌者，进行审问；在调查时，有权直接调查涉案人员的银行账号；执行公务时，有权进入和搜查任何楼宇，必要时还可使用武力。此外，调查人员在调查涉嫌触犯《防止贿赂条例》或《选举（舞弊及非法行为）条例》的案件时，如揭发其它有关罪行，包括《盗窃罪条例》和《刑事诉讼条例》所列出的某些罪行，以及与妨碍司法公正有关的罪行，亦有权采取拘捕行动。（3）移交起诉权。调查结束后，如未有足够证据提出检控，有关案件便会呈交审查贪污举报咨询委员会审议，只有该委员会才有权终止调查工作。执行处调查员的职责是搜集证据，而无权作出检控，但应当向律政司司长提交调查结果。律政司负责审阅执行处所搜集的证据，并建议应否进行检控，凡根据《防止贿赂条例》第Ⅱ部提出检控的案件，在进行检控前，必须获得律政司司长的同意。
由于贪污是一种不易被人揭发的罪行，为了提高调查能力，执行处近年采取了更主动的调查方法，主要包括：扩大联络网，以加强与公营部门及从事主要行业的私营机构的交流及合作；广泛利用先进资讯科技搜集及分析犯罪情报；细心策划以线人及“卧底”进行的调查。廉署还加强与本港执法机构及政府部门合作，减少公务员贪污的机会，现在，廉署已分别与香港警务处、惩教署、香港海关、入境事务处及消防处组成行动联络小组，由廉署及有关部门的处长级人员联合出任主席。廉署还通过与广东省人民检察院订立的贪污个案协查计划，联络各内地机关，全力打击越境贪污活动；并通过与美国联邦调查局、美国毒品调查署、加拿大皇家骑警及澳大利亚联邦警队等海外执法机构建立联系、交换情报、彼此互访及举办培训。
